结论：员工入职时使用虚假身份证被发现后，用人单位通常不能直接追回已支付的工资，但可能通过法律途径要求员工赔偿因欺诈行为给公司造成的损失，或依据具体情况解除劳动合同且不支付经济补偿。

1. 工资支付与欺诈行为的法律关系
   根据《劳动合同法》第二十八条，劳动合同被确认无效后，劳动者已付出劳动的，用人单位应当支付劳动报酬。即使员工使用虚假身份证入职导致劳动合同无效，只要其实际提供了劳动，公司仍需支付相应工资。但若员工未实际提供劳动（如虚假入职后未到岗），公司则无需支付工资。

2. 用人单位的救济途径

   • 解除劳动合同：根据《劳动合同法》第三十九条，员工以欺诈手段使公司在违背真实意思的情况下订立劳动合同的，公司可立即解除合同且无需支付经济补偿。
     
   • 要求赔偿损失：若员工的行为导致公司遭受损失（如招聘成本、培训费用等），公司可依据《劳动合同法》第八十六条要求员工承担赔偿责任，但需证明损失与欺诈行为存在直接因果关系。

3. 实务操作中的注意事项

   • 证据固定：公司需保留员工使用虚假身份证的证据（如身份证复印件、背景调查记录等），以及因欺诈行为导致损失的凭证（如发票、合同等）。
     
   • 程序合法性：解除劳动合同需符合法定程序（如通知工会、出具书面解除通知等），否则可能构成违法解除，需支付赔偿金。
     
   • 工资与赔偿的区分：工资是劳动对价，必须支付；赔偿是因过错导致的损失填补，需另行主张。公司不得以“追回工资”为由克扣员工已得劳动报酬。

4. 特殊情形
   若员工使用虚假身份证的目的涉及刑事犯罪（如伪造证件），公司可向公安机关报案，但刑事责任不影响民事劳动关系的处理。公司仍需按上述规则支付工资或主张赔偿。

建议：若您遇到此类问题，建议先固定证据（如虚假身份证、工作记录等），再通过书面形式解除劳动合同并要求赔偿损失。如有复杂情况（如损失难以计算、员工拒不配合等），可进一步向我咨询具体操作方案。