公司通常有权在员工使用虚假资料入职的情况下追回已支付的工资，但具体情形需结合实际情况和法律规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律原则与规定

1. 诚实信用原则：在劳动关系中，员工和雇主都应遵循诚实信用原则。员工使用虚假资料入职，违反了这一基本原则，可能构成欺诈行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立劳动合同的，劳动合同无效或者部分无效。

2. 工资支付规定：虽然《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》规定了用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，但这些规定的前提是劳动合同的合法性和有效性。如果劳动合同因员工欺诈而无效，那么基于该合同支付的工资，公司有权要求追回。

二、实际操作与考量

1. 公司追回工资的途径：

   • 协商：公司可以首先尝试与员工进行协商，要求其返还已支付的工资。这种方式成本较低，且有助于维护双方的关系。
   • 劳动仲裁或诉讼：如果协商无果，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求员工返还工资。在此过程中，公司需要提供充分的证据证明员工使用了虚假资料入职，以及因此导致的劳动合同无效。

2. 证据收集与保存：

   • 公司应妥善保存员工入职时提交的资料，包括但不限于身份证、学历证书、工作经历证明等。
   • 如果发现员工资料虚假，公司应及时进行调查，并收集相关证据，如与员工的沟通记录、第三方机构的验证结果等。

3. 法律后果与风险：

   • 如果公司成功证明员工使用虚假资料入职，且劳动合同因此无效，那么公司有权要求员工返还已支付的工资。
   • 但同时，公司也需要注意，如果员工在入职后为公司提供了实际劳动，且公司因此获得了利益，那么公司在追回工资时可能需要考虑员工的实际贡献和公司的受益情况，避免过度追偿。

三、特殊情况与例外

1. 员工不知情或被误导：如果员工在入职时并不知情自己的资料存在虚假，或者是在被误导的情况下提供了虚假资料，那么公司追回工资的难度可能会增加。在这种情况下，公司需要更加谨慎地处理，避免侵犯员工的合法权益。

2. 公司管理疏忽：如果公司在入职审查过程中存在疏忽或过失，导致员工使用虚假资料成功入职，那么公司在追回工资时可能会面临一定的法律风险。因此，公司应加强入职审查流程，确保员工资料的真实性和合法性。

建议：公司在处理此类问题时，应首先咨询专业律师的意见，确保自己的行为符合法律规定和程序要求。同时，公司也应加强内部管理，完善入职审查流程，避免类似问题的再次发生。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。