结论：在农村自建房与建筑公司的合同中，若未明确约定对方应使用的材料，一般情况下不能直接认定对方偷工减料。但若能通过其他证据证明建筑公司确实存在偷工减料的行为，则仍可追究其法律责任。
详细分析：
合同约定的缺失：
- 在合同纠纷中，合同是双方权利义务的基础。若合同中未明确约定建筑公司应使用的材料种类、规格、质量等标准，那么从合同文本的角度来看，建筑公司并未违反合同约定。
- 然而，这并不意味着建筑公司可以随意使用任何材料。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。在建设工程合同中，建筑公司有义务按照行业标准或通常做法使用合格的材料进行施工。
偷工减料的认定：
- 偷工减料通常指的是在施工过程中，故意减少工作量或使用劣质材料以降低成本的行为。要认定建筑公司存在偷工减料，需要有充分的证据支持。
- 证据可能包括：施工过程中的照片、视频记录，材料采购发票或收据，第三方检测机构的检测报告，以及与建筑公司沟通的记录等。这些证据应能证明建筑公司使用的材料不符合行业标准或合同隐含的质量要求。
法律责任的追究：
- 若能证明建筑公司存在偷工减料的行为，即使合同中未明确约定材料标准，你仍可以依据《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的规定，要求建筑公司承担违约责任，包括修复、重做、减少报酬、赔偿损失等。
- 在极端情况下，如果偷工减料的行为严重影响了房屋的结构安全或使用功能，你还可以考虑解除合同，并要求建筑公司承担因此造成的全部损失。
建议与措施：
- 完善合同条款：在未来的合同中，应明确约定建筑公司应使用的材料种类、规格、质量等标准，以及相应的违约责任。这样可以在发生纠纷时，有明确的合同依据来维护自己的权益。
- 加强监督与检查：在施工过程中，应定期或不定期地对建筑公司的施工情况进行监督和检查，确保施工质量和材料使用符合合同要求。
- 及时收集证据：一旦发现建筑公司存在偷工减料的行为，应立即收集相关证据，包括照片、视频、检测报告等，以便在后续的法律纠纷中证明自己的主张。
后续行动建议：
- 如果你怀疑建筑公司存在偷工减料的行为，建议先与建筑公司进行沟通协商，要求其提供施工材料的相关证明和检测报告。
- 若沟通无果，你可以考虑聘请第三方检测机构对房屋进行检测，以获取更专业的证据。
- 最后，根据检测结果和合同约定，你可以决定是否通过法律途径追究建筑公司的法律责任。
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