结论：基本工资上涨而从岗位补助中扣除的做法是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若未经劳动者同意，这种做法是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与规定
工资构成与支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资通常由基本工资、岗位津贴、奖金等多个部分组成。
- 工资的支付应当遵循公平、合理、透明的原则，且不得随意克扣或降低。
基本工资与岗位补助的性质：
- 基本工资是劳动者提供正常劳动后应得的最低报酬，具有相对稳定性。
- 岗位补助则是根据劳动者所在岗位、工作条件、劳动强度等因素给予的额外补偿，其数额和支付条件通常会在劳动合同或公司规章制度中明确。
二、合法性分析
未经劳动者同意的扣除：
- 如果公司在未与劳动者协商一致的情况下，擅自将基本工资上涨的部分从岗位补助中扣除，这种做法可能违反了工资支付的公平、合理原则，也侵犯了劳动者的合法权益。
- 劳动者有权要求公司按照劳动合同或公司规章制度的规定支付工资，包括基本工资和岗位补助。
经过劳动者同意的扣除：
- 如果公司在调整工资结构前，与劳动者进行了充分的沟通，并取得了劳动者的同意，那么这种扣除可能是合法的。
- 但即便如此，公司也需要确保调整后的工资水平不低于当地最低工资标准，且不得违反其他相关法律法规的规定。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 劳动者在遇到此类情况时，应首先查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解工资构成和支付方式的具体规定。
- 如果认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行协商，要求公司恢复原工资结构或给予合理的补偿。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司的做法被认定为违法，公司可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 同时，公司的违法行为还可能受到劳动监察部门的处罚，影响公司的声誉和正常运营。
举例说明：假设某劳动者的基本工资原本为3000元，岗位补助为1000元，总工资为4000元。现在公司决定将基本工资上涨至3500元，但同时从岗位补助中扣除500元，使得总工资仍为4000元。如果这种调整未经劳动者同意，且劳动者认为岗位补助是其应得的额外补偿，那么公司的做法就可能构成违法。
总结：基本工资上涨而从岗位补助中扣除的做法是否合法，需根据具体情况判断。劳动者在遇到此类情况时，应了解自己的权益和公司的规定，必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。