单位因考核扣基本工资的合法性取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
合法情况：
- 考核制度的合法性：若单位的考核制度经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并且已向劳动者公示或告知，那么按照该考核制度扣基本工资是合法的。
- 考核内容合理合法：考核标准应明确、客观，扣工资的幅度合理，且基于员工的工作表现、业绩成果等与工作相关的因素，没有不合理的歧视或恶意惩罚。
- 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了考核与工资挂钩的相关条款，且考核制度符合上述合法性要求，单位可以依据约定扣减基本工资，但扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
不合法情况：
- 考核制度未经法定程序：若考核制度未经职工代表大会讨论或未与工会协商，即单位单方面随意决定，那么依此扣基本工资是不合法的。
- 考核内容违法：如果考核制度存在违反法律法规的内容，如违反最低工资标准规定，扣工资后使员工工资低于当地最低工资标准，这也是不合法的。
- 扣减不合理：单位不能仅凭主观判断进行绩效考核和扣减工资，必须有客观的事实依据支持考核结果。若考核结果与员工的实际工作表现不符，或扣减幅度过大，扣基本工资即为不合理且不合法。
综上所述，单位因考核扣基本工资的合法性需综合考虑考核制度的制定程序、内容合理性、公示情况以及扣减的合理性。若劳动者认为单位扣减基本工资的行为不合法，可以先尝试与单位进行协商解决；协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉，或者直接向我咨询，寻求专业的法律帮助；在必要时，还可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。