结论：扣考核分是否影响工资合法性，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 若考核分与工资直接挂钩，且考核制度合法合理：

   • 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，用人单位有权制定合理的规章制度来管理员工，包括绩效考核制度。如果考核制度是经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容合法合理，不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位根据考核结果调整工资（如扣减绩效工资部分）是合法的。
   • 例子：假设公司规定，员工每月绩效工资为基本工资的20%，根据绩效考核结果发放。若员工因工作表现不佳，考核分较低，公司按照制度扣减其绩效工资，这是合法的。

2. 若考核分与工资挂钩，但考核制度不合法或不合理：

   • 法律背景：如果考核制度未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，或者内容违法（如歧视性条款、违反最低工资标准等），那么该考核制度对劳动者不产生法律效力。用人单位不能依据不合法的考核制度扣减工资。
   • 例子：公司规定，无论员工表现如何，每月都扣减一定比例的工资作为“考核费”，且未经过民主程序制定或公示，这样的规定是违法的，员工有权拒绝并要求公司补发工资。

3. 若考核分仅作为参考，不直接影响工资：

   • 法律分析：如果考核分只是作为员工晋升、培训、奖励等方面的参考，而不直接影响工资发放，那么扣考核分本身并不涉及工资合法性问题。但用人单位应确保考核过程的公平、公正、公开，避免侵犯员工权益。

4. 特殊情况：最低工资保障：

   • 法律背景：根据《劳动法》规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。即使考核分较低，用人单位扣减工资后，员工的实际工资也不得低于最低工资标准。
   • 计算公式：假设当地最低工资标准为X元/月，员工基本工资为Y元/月，绩效工资为Z元/月（Z≤Y的某比例）。若因考核扣减绩效工资后，员工实际工资为W元/月，则需满足W≥X。
   • 例子：当地最低工资标准为2000元/月，员工基本工资为3000元/月，绩效工资为1000元/月。若因考核扣减500元绩效工资，员工实际工资为2500元/月，仍高于最低工资标准，是合法的；但若扣减1200元绩效工资，员工实际工资为1800元/月，低于最低工资标准，则是违法的。

建议：

• 员工应仔细阅读公司的绩效考核制度，了解考核标准、程序及工资调整方式。
• 若对考核结果或工资扣减有异议，可与公司协商或向劳动监察部门投诉。
• 用人单位应确保考核制度的合法性和合理性，避免侵犯员工权益。

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