基本工资2000元，岗位补贴1000元，这样的工资结构本身并不违法，但具体是否合法还需结合其他因素综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
最低工资标准角度：
- 根据《最低工资规定》，最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准通常包括基本工资和部分补贴，但不包括加班工资、特殊工作环境条件下的津贴、法定福利待遇等。
- 因此，要判断2000元基本工资加1000元岗位补贴是否合法，首先需要查看当地公布的最低工资标准。如果这两部分加起来仍然低于当地最低工资标准，那么这种工资结构就是违法的。反之，如果总和不低于最低工资标准，则这一结构在最低工资层面是合法的。
劳动合同和集体合同角度：
- 根据《劳动合同法》，用人单位与劳动者订立的劳动合同中应当明确劳动报酬条款，包括工资水平、支付方式等。如果劳动合同中明确约定了基本工资为2000元，岗位补贴为1000元，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种工资结构就是合法的。
- 同时，如果用人单位与劳动者之间有集体合同，且集体合同中关于工资的规定与劳动合同中的约定相一致，或者集体合同规定的工资标准更高，那么这种工资结构也是合法的。
工资支付和构成合理性角度：
- 除了最低工资标准和劳动合同、集体合同的约定外，还需要考虑工资支付的合理性和构成。岗位补贴作为工资的一部分，通常是为了补偿劳动者因岗位特殊性而产生的额外支出或承担的额外责任。因此，岗位补贴的设定应当合理，且与岗位的实际需求相匹配。
- 如果岗位补贴的设定过高或过低，或者与岗位的实际需求不符，可能会引发劳动争议。例如，如果岗位补贴过高，可能会被视为用人单位通过补贴形式规避法定工资支付义务；如果岗位补贴过低，则可能无法真正补偿劳动者因岗位特殊性而产生的额外支出。
建议：
- 在确定工资结构时，用人单位应首先了解并遵守当地的最低工资标准规定。
- 同时，用人单位应与劳动者在劳动合同中明确约定工资构成和支付方式，确保工资支付的合法性和合理性。
- 如果劳动者对工资结构有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，必要时可以寻求法律援助或提起劳动争议仲裁。
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