结论：合同中约定“合同期内辞职扣3千”的条款，一般情况下是不合法的，公司不能因此扣除你3千元。但具体是否合法，还需结合合同条款的具体内容、签订背景以及相关法律法规来综合判断。
分析说明：
从劳动合同法的角度来看：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形，仅限于两种特定情况：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定了服务期；二是用人单位与劳动者在劳动合同中约定了竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
- 除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，如果合同中约定的“合同期内辞职扣3千”并不属于上述两种情形之一，那么该条款很可能是违法的，公司不能据此扣除你的工资。
从合同条款的具体内容来看：
- 即使合同中确实约定了辞职需扣除一定金额作为违约金，也需要仔细审查该条款的具体内容。例如，扣除的金额是否合理、是否超过了法律规定的上限（如果有的话）、是否与劳动者因辞职给用人单位造成的实际损失相当等。
- 如果扣除的金额过高，或者与劳动者因辞职给用人单位造成的实际损失不相符，那么该条款也可能被认定为违法或无效。
从签订合同的背景来看：
- 在签订合同时，双方应当遵循公平、自愿、协商一致的原则。如果公司在签订合同时利用其优势地位，强迫你接受不合理的条款，或者未对条款进行充分解释和说明，导致你对条款内容存在误解或不知情，那么该条款也可能被认定为违法或无效。
行动建议：
- 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，说明该条款可能存在的违法性，并要求公司取消或修改该条款。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门无法解决问题，或者你对处理结果不满意，你还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，关键在于准确判断合同条款的合法性以及是否违反了相关法律法规的规定。因此，你需要仔细审查合同条款的具体内容、签订背景以及相关法律法规的适用情况。
- 如果对合同条款的合法性存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取更准确的法律意见和帮助。
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