结论：乙方在三方装卸合作协议中应开具何种发票，主要取决于协议中约定的服务内容以及实际提供的服务性质。若乙方主要提供的是装卸服务，则应开具装卸费发票；若乙方主要提供的是代理服务，如代表甲方或第三方进行装卸业务的协调、安排等，则应开具代理费发票。
分析说明：
服务内容决定发票类型：
- 装卸服务：如果乙方在协议中明确承诺提供装卸服务，并实际执行了装卸作业，如搬运、装载、卸载等，那么乙方应开具装卸费发票。这是因为装卸费是乙方因提供装卸服务而应得的报酬。
- 代理服务：如果乙方在协议中主要扮演的是代理角色，如代表甲方或第三方与装卸公司进行沟通、协调装卸时间、地点等，并未直接参与装卸作业，那么乙方应开具代理费发票。代理费是乙方因提供代理服务而应得的报酬。
协议约定的重要性：
- 协议是双方权利义务的法律依据。因此，在签订三方装卸合作协议时，双方应明确约定乙方的服务内容以及应开具的发票类型。这有助于避免后续因发票类型而产生的纠纷。
- 如果协议中未明确约定发票类型，但根据实际服务内容可以判断乙方应开具何种发票，那么双方应协商一致并补充协议或签订补充合同以明确发票类型。
税务合规性：
- 乙方在开具发票时，应确保发票内容与实际提供的服务相符，以符合税务法规的要求。如果开具的发票类型与实际服务不符，可能会面临税务风险，如被税务机关认定为虚开发票等。
- 乙方还应确保发票的开具符合相关税务规定，如使用正确的税率、填写完整的发票信息等。
特殊场景：
- 如果乙方在协议中既提供了装卸服务又提供了代理服务，那么乙方应根据实际提供的服务比例分别开具装卸费发票和代理费发票，或者与甲方协商一致开具一张综合发票，并在发票上明确注明各项服务的金额和税率。
建议与行动：
- 在签订三方装卸合作协议前，双方应充分沟通并明确乙方的服务内容以及应开具的发票类型，以避免后续纠纷。
- 如果对发票类型有疑问或不确定，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确指导。
- 在实际开具发票时，乙方应仔细核对发票信息，确保发票内容与实际提供的服务相符，并符合税务法规的要求。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。