合作协议中发票费用的承担问题，需根据双方约定及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 合同约定优先原则
   根据《民法典》第465条，合同内容由双方协商确定，具有法律约束力。若协议中明确约定“甲方承担发票费用”或“发票费用由开具方承担”，则应按约定执行。例如：

   • 若协议写明“甲方负责支付因开具发票产生的税费及手续费”，则甲方需承担；
     
   • 若约定“乙方开具发票后，甲方凭票报销相关费用”，则费用实际由乙方垫付，甲方通过报销形式支付。

2. 无约定时的法律推定
   若协议未明确约定，需结合交易习惯和法律规定判断：

   • 增值税专用发票：根据《增值税暂行条例》，销售方（乙方）有义务开具发票，但税费通常由销售方承担（已包含在合同价款中）。若甲方要求额外开具发票导致费用增加（如跨地区代开、加急办理等），可能需协商分担；
     
   • 普通发票：若因甲方特殊需求（如特定格式、多联次等）产生额外费用，通常由甲方承担；
     
   • 其他费用：如发票邮寄费、代办手续费等，若无约定，一般由实际受益方或提出需求方承担。

3. 实务建议

   • 明确约定：在协议中增加条款，例如“乙方开具合法有效发票后，甲方应在X日内支付合同款，发票相关税费由X方承担”；
     
   • 留存证据：若因发票问题产生争议，需保存协议文本、沟通记录、费用凭证等证据；
     
   • 协商解决：若已发生争议，可先与对方协商，明确费用分担方式；协商不成可依据协议通过诉讼或仲裁解决。

总结：发票费用承担需以协议约定为准，无约定时结合交易习惯和法律规定判断。建议双方在签订协议时明确条款，避免后续纠纷。如有具体协议文本或争议细节，可进一步向我咨询。