针对您提出的“由甲方为乙方开具发票怎么约定”的问题，这实际上涉及到了发票开具的合规性和合同条款的设定。以下是我为您提供的详细解答：
一、发票开具的基本原则
在商业交易中，发票的开具应当遵循如实开具的原则，即发票应反映实际经营业务情况。通常，服务提供方（乙方）会向服务接受方（甲方）开具发票，以证明服务的提供和费用的收取。
二、甲方为乙方开具发票的特殊情况
虽然一般情况下是由乙方为甲方开具发票，但在某些特殊情况下，也可能存在甲方为乙方开具发票的需求或约定。这种情况通常发生在以下场景中：
反向交易或特殊业务模式：在某些特定的业务模式或交易结构中，可能存在甲方需要为乙方开具发票的情况。例如，当乙方为甲方提供某种服务或商品，但根据合同约定或税务筹划的需要，发票由甲方开具给乙方（这通常涉及到复杂的税务和法律安排，需要专业指导）。
委托代付或代收：如果甲方受乙方委托代为支付或收取某笔费用，并因此需要开具发票，这种情况下也可能出现甲方为乙方开具发票的情况。但这种情况需要明确的委托关系和合同约定作为支撑。
三、合同条款的设定建议
如果您确实需要在合同中约定由甲方为乙方开具发票，以下是一些建议的合同条款设定：
明确发票开具方和接收方：在合同中明确约定发票的开具方（甲方）和接收方（乙方），以及发票的开具时间、金额、内容等关键信息。
约定发票类型和税率：根据交易的性质和税务法规的要求，约定发票的类型（如增值税专用发票、普通发票等）和适用的税率。
明确税务责任和义务：在合同中明确双方在税务方面的责任和义务，包括发票的合规性、税务申报、税款缴纳等。
设置违约责任条款：为确保合同的履行和发票的合规开具，可以设置违约责任条款，对违反发票开具约定的行为进行处罚。
四、合规性和风险考虑
在约定由甲方为乙方开具发票时，必须充分考虑合规性和风险问题。确保所有操作均符合当地法律法规和税收政策的要求，避免虚开发票等违法行为的发生。如果对此存在疑问或不确定，建议咨询当地税务局或相关法律专业人士的意见。
综上所述，虽然一般情况下是由乙方为甲方开具发票，但在特殊情况下也可能存在甲方为乙方开具发票的需求。在设定相关合同条款时，应明确发票开具方和接收方、发票类型和税率、税务责任和义务等关键信息，并充分考虑合规性和风险问题。