合同中约定税费由乙方承担，这样的条款在法律上是有效的，但具体是否合理需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律有效性角度
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以就合同的内容进行自由约定，包括税费的承担方。因此，合同中约定税费由乙方承担，并不违反法律的强制性规定，是有效的。
税费承担的约定：税费作为合同履行过程中的一项费用，其承担方可以由合同双方自行约定。只要该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，就应当被尊重并执行。
二、合理性判断角度
商业惯例与公平性：虽然法律上允许合同双方约定税费的承担方，但这样的约定是否合理，还需考虑商业惯例和公平性原则。在某些行业或交易中，税费由哪一方承担可能有一定的惯例或习惯做法。如果合同中的约定与这些惯例或习惯做法相悖，可能会引发争议。此外，如果税费的承担明显加重了某一方的负担，而该方在合同中并未获得相应的对价或利益，那么这样的约定可能被视为不公平。
具体交易情况：税费的承担是否合理，还需结合具体的交易情况来判断。例如，在建设工程合同中，如果乙方作为承包商，其报价已经包含了税费，那么合同中再约定税费由乙方承担就是合理的。但如果乙方的报价并未包含税费，而合同中却突然约定税费由乙方承担，这可能会对乙方的利益造成损害，此时这样的约定就可能被视为不合理。
三、法律后果与风险防范
法律后果：如果合同中约定税费由乙方承担，且该约定合法有效，那么乙方就应当按照约定履行税费缴纳义务。如果乙方未履行该义务，可能会面临法律责任，如被税务机关追缴税款、加收滞纳金或罚款等。同时，甲方也可能因乙方未履行税费缴纳义务而遭受损失，如无法取得合法的税务发票等。
风险防范：为了避免因税费承担问题引发的争议和风险，合同双方在签订合同时应当明确约定税费的承担方，并确保该约定合法有效。同时，双方还可以在合同中约定违约责任和争议解决方式等条款，以进一步保障自己的权益。例如，可以约定如果乙方未按照约定缴纳税费，甲方有权从乙方的工程款中直接扣除相应的税费金额，并有权要求乙方承担因此产生的滞纳金或罚款等费用。
建议：在签订合同时，双方应当充分沟通、协商，明确税费的承担方，并在合同中予以明确约定。如果对税费的承担问题存在疑问或争议，可以咨询专业的税务或法律人士，以确保合同的合法性和有效性。如果你有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。