代收甲方的运输款是否需要开发票，取决于代收过程中是否提供了应税服务以及具体的合同条款。以下是详细分析：

一. 不需要开发票的情况

1. 单纯的代收代付行为：
   • 解释：如果你作为代收方，只是单纯地代甲方收取运输款，并未提供任何额外的应税服务（如运输服务、中介服务等），且未从中获取经济利益（如手续费、佣金等），那么根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的相关规定，此行为可能不构成应税行为，因此无需开具发票。
   • 举例：假设你公司仅作为资金过账的通道，代甲方收取了乙公司的运输款，并如数转交给甲方，且未收取任何额外费用，那么此情况下无需开具发票。

二. 需要开发票的情况

1. 提供了应税服务：
   • 解释：如果你在代收运输款的过程中，提供了如运输服务、中介服务、咨询服务等应税服务，并因此收取了费用（无论是单独收取还是包含在运输款中），那么根据《中华人民共和国发票管理条例》的规定，你需要就提供的应税服务开具发票。
   • 举例：假设你公司在代收运输款的同时，提供了运输服务的咨询或中介服务，并收取了相应的服务费用，那么你需要就这部分服务费用开具发票。

三. 综合考虑因素

• 合同条款：在实际操作中，是否需要开具发票可能还取决于你与甲方、乙方之间的合同条款。双方应明确约定由哪一方开具发票，以及发票的具体内容和金额等。
• 合规性要求：无论是否需要开具发票，代收代付业务都应确保符合相关法律法规的要求，避免违法违规行为。建议在实际操作中咨询当地税务局或专业律师以获取更准确的指导。

我的观点：代收甲方的运输款是否需要开发票，关键在于代收过程中是否提供了应税服务以及具体的合同条款。如果仅是单纯的代收代付行为且未提供应税服务，则无需开具发票；如果提供了应税服务或合同条款有明确要求，则需开具发票。如有进一步需要，您可以继续咨询我。