关于“代开运输发票是否合法”的问题，这需要分情况来详细讨论。

首先，我们要明确的是，在合法合规的前提下，代开运输发票是允许的。特别是针对货物运输业的小规模纳税人，他们由于经营灵活、流动性强，且在异地开展运输业务时可能无法及时出具发票，这对其经营会造成一定影响。为此，国家税务总局特别制定了《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》，为这类纳税人提供了开票便利。根据该办法，符合条件的小规模纳税人可以在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地中的任何一地，就近向国税机关申请代开增值税专用发票。

然而，如果代开的运输发票是非法取得的，或者存在伪造、变造等情形，那么这种代开行为就是违法的。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，任何单位和个人都不得知道或者应当知道是私自印制、伪造、变造、非法取得或者废止的发票而受让、开具、存放、携带、邮寄、运输。如果违反这一规定，将面临税务机关的处罚，包括罚款等。

为了更具体地说明这一点，我引用一个实际案例：某公司因取得并使用了非法虚开的发票，在法律属性上被认定为“非法取得的发票”，并因此受到了税务机关的罚款处罚。这个案例就很好地说明了，如果代开的发票存在问题，那么使用这些发票的行为也是违法的，并会受到相应的法律制裁。

因此，我建议您在代开运输发票时，一定要确保发票的合法性和真实性。如果您是货物运输业的小规模纳税人，且符合代开增值税专用发票的条件，那么您可以按照相关规定向国税机关申请代开。但如果您是通过非法途径获取发票，或者代开的发票存在伪造、变造等情形，那么这种行为就是违法的，并会给您带来不必要的法律风险和经济损失。

总的来说，代开运输发票的合法性取决于发票的来源和真实性。只有在合法合规的前提下代开运输发票，才是被允许的。