关于物流公司代开发票是否合法的问题，这需要根据具体情况来详细分析。

首先，我们要明确的是，物流公司在特定条件下可以自行开具发票，但不得为其他公司或个人代开发票。这是基于税收法规的明确规定，旨在维护税收秩序和公平竞争的市场环境。

物流公司自行开具发票的情况

1. 一般纳税人物流公司：

   • 如果物流公司是增值税一般纳税人，那么它具备自行开具增值税专用发票和普通发票的资格。
   • 这需要公司有完善的会计核算制度和纳税申报体系，能够准确计算应纳税额。

2. 小规模纳税人且符合自开条件的物流公司：

   • 自2020年2月1日起，符合条件的小规模纳税人也可以自愿使用增值税发票管理系统自行开具增值税专用发票。
   • 这要求公司会计核算健全，能够提供准确的税务资料。

税务机关代开发票的情况

对于某些特定情况，如小规模纳税人且不符合自开条件，或者物流公司临时发生应税行为且无法自行开具相应发票时，可以向主管税务机关申请代开。但这种情况下，代开的主体是税务机关，而不是物流公司本身为其他公司或个人代开。

代开发票的法律风险

• 违法性：物流公司为其他公司或个人代开发票是明确被禁止的，这种行为违反了税收法规。
• 法律后果：如果存在代开发票等违法行为，物流公司将面临罚款、没收违法所得、停止供票等处罚，甚至可能被追究刑事责任。

合规建议

• 严格遵守税收法规：物流公司在日常经营中应严格遵守税收法规和规定，确保合法合规地开具和使用发票。
• 加强内部管理：提升财务管理和会计核算制度的建设，确保能够准确计算和申报税款，避免因为管理不善而引发的税务风险。

总结：物流公司在发票开具方面需根据自身纳税身份和实际情况选择自行开具或向税务机关申请代开，但严禁为其他公司或个人代开发票。这是维护税收秩序和公平竞争市场环境的重要一环，也是物流公司自身合规经营的必要条件。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询税务机关或专业税务顾问。