关于物流公司代开运输发票是否合法的问题，这需要根据物流公司的具体角色、服务内容以及税务规定来综合判断。
首先，我们要明确一个核心原则：物流公司不得为其他公司或个人代开发票。这是税收法规的明确规定，代开发票行为属于违法行为，将面临罚款、没收违法所得、停止供票等处罚，甚至可能被追究刑事责任。
接下来，我们分析物流公司开具运输发票的合法情况：
物流公司自行开具运输发票：
- 如果物流公司直接参与了货物运输业务，承担了运输责任，并且具备相应的纳税身份（如一般纳税人或符合自开条件的小规模纳税人），那么它可以根据实际提供的运输服务自行开具运输发票。
- 自行开具发票时，物流公司需确保有完善的会计核算制度和纳税申报体系，能准确计算应纳税额，并遵循国家税务总局的相关规定。
物流公司向税务机关申请代开发票：
- 对于小规模纳税人且不符合自开条件的物流公司，或者临时发生应税行为（如超出经营范围的应税服务）且无法自行开具相应发票的物流公司，可以向主管税务机关申请代开。
- 申请代开时，物流公司需提供相关业务合同、身份证明等资料，并遵循税务机关的代开流程和规定。
现在，我们回到用户的问题本身：物流公司代开运输发票合法吗？
- 如果物流公司是为其他公司或个人代开发票，那么这是不合法的，属于违法行为。
- 如果物流公司是根据自身实际提供的运输服务自行开具发票，或者向税务机关申请代开（在符合条件的情况下），那么这是合法的。
实务操作建议：
- 物流公司在开展业务时，应明确自身的服务模式和在交易中的角色，确保合规开票。
- 如需开具运输发票，物流公司应根据自身纳税身份和实际情况选择自行开具或向税务机关申请代开。
- 物流公司应加强内部财务管理和会计核算制度的建设，提升税务合规水平，避免潜在的税务风险。
综上所述，物流公司代开运输发票的合法性取决于其具体角色和服务内容。物流公司应严格遵守税收法规和规定，确保合法合规地开具和使用发票。