货运代理服务给公司安排车辆运输，开具货运代理服务普通发票的合法性取决于货运代理企业在交易中的具体角色和实际提供的服务内容。以下是对此问题的详细分析：
单纯货运代理服务的情况：
- 角色定位：如果货运代理企业仅作为中间商，接受委托人的委托，办理货物运输及相关业务手续（如订舱、报关、报检等），而并未直接参与货物的实际运输，那么其提供的服务属于经纪代理服务。
- 发票类型：在此情况下，货运代理企业应开具“经纪代理服务”发票，而非运输服务发票。这是因为其并未实际提供运输服务，而是提供了代理服务。
- 税率适用：经纪代理服务通常适用的增值税税率为6%（一般纳税人）。
兼具货运代理与运输服务的情况：
- 角色定位：如果货运代理企业不仅提供代理服务，还拥有运输工具（如车辆），并实际从事货物运输，那么其角色就发生了变化，成为了实际的运输服务提供者。
- 发票类型：在此情况下，货运代理企业可以就其实际提供的运输服务开具运输服务发票。这是因为其确实提供了运输服务，符合开具运输服务发票的条件。
- 税率适用：一般纳税人提供交通运输服务的增值税税率为9%。同时，公司需在税务管理方面将货运代理服务和运输服务分别核算，以避免税务风险。
实务操作建议：
- 明确服务性质：货运代理企业在开展业务时，应清晰界定自身提供的服务性质，确保发票开具与服务内容相符。这是避免税务风险的关键。
- 合同审查：在签订合同时，应仔细审查合同条款，明确各方的权利和义务，特别是货运代理在运输过程中的责任和地位。这有助于在发生纠纷时明确责任归属。
- 税务咨询：对于服务性质不明确或存在疑问的情况，建议及时咨询税务局或专业会计师，以确保合规操作。作为专业律师，我也可以提供相关的法律咨询和税务筹划建议。
可能存在的法律后果：
- 如果货运代理企业错误地开具了发票类型（如将代理服务发票开具为运输服务发票），可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。
- 如果货运代理企业虚开、假开发票，还可能构成犯罪行为，面临刑事责任的追究。
综上所述，货运代理服务给公司安排车辆运输时，开具货运代理服务普通发票的合法性取决于其实际提供的服务内容和角色。为了确保合规操作并避免税务风险，建议货运代理企业在开展业务时明确服务性质、仔细审查合同条款，并在必要时咨询专业人士的意见。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。