代垫运费情况下，承运公司开票给销售方是否合法，需结合具体业务操作和税务规定来判断，但通常不建议此操作，若必须如此，则需满足特定条件并谨慎处理。以下从不同角度详细分析：
一、合法性分析
一般原则：在代垫运费的情况下，承运公司通常应将运费发票开具给货物的最终接收方，即购买方。这是因为购买方是运输服务的实际受益者，也是进项税额抵扣的合法主体。如果承运公司将发票开具给销售方，可能不符合税务规定，也可能引发税务风险。
特殊情况：然而，在某些特殊情况下，如销售方与购买方约定由销售方代垫运费，并且销售方需要凭借承运公司的发票进行财务处理或税务申报时，承运公司可能会将发票开具给销售方。这种情况下，虽然操作上可能可行，但销售方需确保符合税务规定，并避免将代垫运费视为价外费用并入销售额中缴纳增值税。
二、税务处理建议
发票转交：如果承运公司确实将发票开具给了销售方，销售方应及时将其转交给购买方。这样，购买方可以凭借发票进行进项税额的抵扣，而销售方也可以避免不必要的税务风险。
合同安排：为了避免潜在的税务风险，销售方、购买方和承运公司之间应签订明确的合同条款，详细规定运费的支付方式、发票的开具对象以及各方的权利义务。合同中可以明确约定，如果承运公司将发票开具给销售方，销售方有义务及时转交给购买方，并确保购买方能够正常进行税务处理。
税务咨询：由于税务规定可能因地区和行业而异，且可能随着政策的变化而调整，因此建议销售方在处理代垫运费问题时咨询专业的税务顾问或会计师。他们可以提供具体的税务处理建议，并帮助销售方确保合规性。
三、法律风险防控
运输业务真实性：无论发票开具给谁，相关的运输业务都必须真实发生。销售方应确保运输合同、运输单据等凭证齐全且能相互印证，以证明运输业务的真实性。
避免虚假交易：销售方应避免与承运公司或购买方进行虚假交易或伪造相关凭证。这种行为不仅可能引发税务风险，还可能涉及法律责任。
及时沟通确认：在处理代垫运费问题时，销售方应与购买方和承运公司保持及时沟通，确保各方对交易安排和税务处理有清晰的理解。这有助于减少潜在的纠纷和法律风险。
总结来说，虽然代垫运费情况下承运公司开票给销售方在特定条件下可能可行，但通常不建议此操作。为了确保合规性和降低税务风险，建议销售方在处理此类问题时遵循税务规定、签订明确的合同条款、咨询专业税务顾问，并保持与购买方和承运公司的及时沟通。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。