公司让个人代付运费是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司有合理理由且未违反法律规定：

   • 在某些特定情况下，如公司因临时资金周转问题，或为了简化财务流程、提高效率，可能会要求员工或第三方个人先代付运费，后续再予以报销。这种行为本身并不直接违法，但关键在于公司是否遵循了相关的财务和税务规定，以及是否与员工或代付人之间有明确的约定和报销机制。
   • 法律建议：如果公司要求个人代付运费，应确保有明确的书面协议或内部规定，说明代付的原因、金额、报销时间等关键信息，以避免后续纠纷。同时，公司应确保这种代付行为不会违反税务法规，如避免通过个人账户进行大额资金往来以规避税务监管。

2. 若公司无合理理由或违反法律规定：

   • 如果公司没有合理的解释或依据，而频繁要求员工或第三方个人代付运费，且长期不予以报销，这可能构成对员工财产权的侵犯，或者涉及偷逃税务等违法行为。
   • 法律后果：对于员工而言，如果公司长期拖欠报销费用，员工有权通过法律途径追讨。对于公司而言，如果这种行为被认定为偷逃税务，将面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等，甚至可能涉及刑事责任。
   • 法律建议：如果公司无正当理由要求个人代付运费，且拒绝报销，个人应保留好相关证据（如转账记录、报销申请单、沟通记录等），并通过法律途径维护自己的权益。同时，对于公司而言，应严格遵守财务和税务规定，避免不必要的法律风险。

额外提醒：

• 在处理此类问题时，建议个人与公司之间保持沟通，并尽量通过书面形式记录相关约定和报销事宜，以减少后续纠纷的可能性。
• 如果对公司的行为存在疑虑或不确定是否合法，可以咨询专业的法律人士或机构进行评估和指导。

总结：公司让个人代付运费是否合法，取决于公司是否有合理理由以及是否遵守了相关法律法规。在处理此类问题时，应确保有明确的约定和报销机制，并遵守财务和税务规定。如果有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师。