货物代理企业取得运输发票作为抵扣是不合法的。具体分析如下：

在国际货物运输代理业务中，国际货运代理企业是作为委托方和承运单位的中介人，受托办理国际货物运输和相关事宜，并收取中介报酬。根据国家税务总局的批复（国税函[2005]54号），增值税一般纳税人支付的国际货物运输代理费用，不得作为运输费用抵扣进项税额。

这一规定明确了货物代理企业所取得的运输发票不能用于抵扣进项税额，因为其所提供的服务属于中介服务，而非直接的运输服务。因此，如果货物代理企业试图将取得的运输发票作为抵扣依据，将不符合税法规定，可能会面临税务风险。

综上所述，货物代理企业应严格遵守税法规定，不得将取得的运输发票作为抵扣依据。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。