集团企业间货物运费在符合一定条件下是可以抵扣且合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性角度
集团企业间货物运费抵扣的合法性主要取决于是否满足税法规定的相关条件。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额，为进项税额，且下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额：如果集团企业间货物运输服务由具备开具增值税专用发票资格的运输企业提供，并开具了合规的增值税专用发票，那么这部分运费对应的增值税额是可以抵扣的。
符合规定的运输费用结算单据：除了增值税专用发票外，如果符合税法规定的其他运输费用结算单据（如某些特定情况下的普通发票等，但需注意，随着税制改革，普通发票的抵扣范围已大幅缩小，目前主要依赖增值税专用发票），也可能被允许作为抵扣凭证。不过，在现行税制下，这种情况较为少见，且需严格符合税法规定。
二、抵扣条件角度
除了合法性外，集团企业间货物运费抵扣还需满足以下条件：
业务真实性：运费必须与真实的货物运输业务相对应，不能存在虚构业务、虚开发票等违法行为。
用途合规性：购进的货物或服务必须用于增值税应税项目，如果用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费等，则其进项税额不得从销项税额中抵扣。对于集团企业间而言，如果货物运输是为了集团内部的生产、销售等增值税应税活动，那么运费是可以抵扣的；但如果是为了集团内部的非应税活动（如员工福利、内部调拨等），则不能抵扣。
发票合规性：除了必须是增值税专用发票外，发票的开具还需符合税法规定，如发票内容与实际业务相符、发票开具时间符合规定等。
三、实际操作建议
确保业务真实：集团企业在进行货物运输时，应确保业务的真实性，避免虚构业务或虚开发票。
选择合规运输企业：选择具备开具增值税专用发票资格的运输企业进行合作，以确保能够取得合规的抵扣凭证。
加强内部管理：集团企业应加强内部管理，确保运费抵扣的合规性。例如，可以建立完善的运费报销制度，要求报销时提供合规的增值税专用发票和运输合同等证明材料。
关注税法变化：税法规定可能会随着时间和政策的变化而调整，集团企业应密切关注税法动态，及时调整运费抵扣策略。
如果您在集团企业间货物运费抵扣方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。