物流公司用油卡抵运费的合法性，取决于双方是否有明确的合同约定、该行为是否符合相关法律法规以及双方的意愿。在符合特定条件的情况下，油卡抵运费是合法的；反之，则可能构成违法行为。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
双方协商一致且有明确合同约定：
- 如果物流公司与托运方或司机等相关方在事前就油卡抵运费的支付方式达成了明确、自愿的协议，并且该协议内容不违反法律法规的强制性规定（如税法等）和公序良俗，那么这种抵付行为是合法有效的。这体现了《中华人民共和国民法典》中合同订立应遵循的自愿、平等原则。
- 合同关键条款：合同应明确约定油卡的面值、使用方式、抵扣的运费金额等关键条款，以确保双方权益得到保障。例如，双方可以约定“物流公司以价值1000元的油卡抵扣本次运费中的1000元，油卡需在指定加油站使用，且有效期为XX个月”。
符合行业惯例且各方默认：
- 在某些特定的物流行业领域或地区，如果用油卡抵运费是一种普遍被认可和遵循的交易习惯，且参与交易的各方对此都知晓并默认，那么这种行为也具有一定的合理性和合法性。但这需要确保该行业惯例不违反任何法律法规。
不合法情况
强制抵付：
- 若物流公司未经相关方同意，单方面强制要求用油卡抵运费，这就侵犯了对方的自主选择权和财产权益。根据《中华人民共和国民法典》，合同的订立和履行应遵循自愿原则，因此这种行为是不合法的。例如，物流公司未经司机同意，直接以油卡抵扣全部运费，司机有权拒绝并要求物流公司以现金或其他方式支付运费。
油卡存在问题：
- 如果物流公司提供的油卡存在虚假、无法正常使用、面额与约定不符等情况，这可能构成欺诈行为，违反《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规。在这种情况下，油卡抵运费的行为也是不合法的。例如，物流公司提供的油卡实际面额低于约定面额，或者油卡无法在指定加油站使用，司机有权要求物流公司承担违约责任。
违反合同约定或法律法规：
- 若双方事先签订的合同明确约定了运费支付方式为现金或其他形式，而物流公司擅自改变支付方式，用油卡抵运费，那么就构成违约，违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的规定。
- 此外，如果油卡抵运费的行为涉及偷税漏税等违法行为，那么根据税法等相关法律规定，这种行为也是不合法的。例如，物流公司通过油卡抵运费的方式逃避缴纳税款，将面临税务机关的处罚。
总结与建议
在实际操作中，建议物流公司在采用油卡抵运费的方式前，务必与相关方进行充分沟通并达成书面协议，明确约定油卡的面值、使用方式、抵扣的运费金额等关键条款，确保该行为的合法性和有效性。同时，也应关注税法等相关法律法规的规定，避免触碰法律红线。如果遇到相关纠纷或疑虑，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供准确的法律意见。