物流企业用加油卡支付运费是否合法，取决于具体情况，包括双方是否有明确的合同约定、该行为是否符合相关法律法规以及双方的意愿等。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
双方协商一致且有明确合同约定：
- 如果物流企业与托运方或司机等相关方在事前就加油卡抵运费的支付方式达成了明确、自愿的协议，并且该协议内容不违反法律法规的强制性规定（如税法等）和公序良俗，那么这种抵付行为是合法有效的。这体现了合同订立应遵循的自愿、平等原则。
- 合同中应明确约定加油卡的面值、使用方式、抵扣的运费金额等关键条款，以确保双方权益得到保障。
符合行业惯例且各方默认：
- 在某些特定的物流行业领域或地区，如果用加油卡抵运费是一种普遍被认可和遵循的交易习惯，且参与交易的各方对此都知晓并默认，那么这种行为也具有一定的合理性和合法性。但这需要确保该行业惯例不违反任何法律法规。
不合法情况
强制抵付：
- 若物流企业未经相关方同意，单方面强制要求用加油卡抵运费，这就侵犯了对方的自主选择权和财产权益。根据《中华人民共和国民法典》，合同的订立和履行应遵循自愿原则，因此这种行为是不合法的。
加油卡存在问题：
- 如果物流企业提供的加油卡存在虚假、无法正常使用、面额与约定不符等情况，这可能构成欺诈行为，违反《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规。在这种情况下，加油卡抵运费的行为也是不合法的。
违反合同约定或法律法规：
- 若双方事先签订的合同明确约定了运费支付方式为现金或其他形式，而物流企业擅自改变支付方式，用加油卡抵运费，那么就构成违约，违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的规定。
- 此外，如果加油卡抵运费的行为涉及偷税漏税等违法行为，那么根据税法等相关法律规定，这种行为也是不合法的。例如，物流企业为用加油卡抵运费而获取不当返利，或者利用加油卡发票进行虚假进项抵扣等。
建议与总结
在实际操作中，建议物流企业在采用加油卡抵运费的方式前，务必与相关方进行充分沟通并达成书面协议，确保该行为的合法性和有效性。同时，也应关注税法等相关法律法规的规定，避免触碰法律红线。如果遇到相关纠纷或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律意见。