关于国际货物运输代理收取的居间服务发票能否抵扣及其合法性的问题，结论如下：
发票抵扣的合法性：
- 一般原则：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关实施细则，纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额，为进项税额，且符合规定的进项税额可以从销项税额中抵扣。对于国际货物运输代理收取的居间服务，若该服务属于增值税应税服务，且代理方已依法开具增值税专用发票，则购买方（即支付居间服务费的一方）在符合其他抵扣条件（如业务真实、发票合规等）的情况下，通常可以抵扣进项税额。
- 特殊情况：然而，若居间服务涉及的是国际运输服务，且该服务本身享受增值税免税或零税率政策（如国际运输服务通常享受免税政策），则代理方开具的发票可能为普通发票或免税发票，此时购买方无法凭此类发票抵扣进项税额。此外，若居间服务内容不属于增值税应税范围，或代理方未依法开具增值税专用发票，购买方同样无法抵扣。
发票的合法性：
- 发票开具要求：代理方在开具居间服务发票时，必须确保发票内容真实、准确，且符合《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定。发票应明确标注服务名称、金额、税率（如适用）、开票日期等关键信息，并加盖发票专用章。
- 合规性审查：购买方在接收发票时，应仔细审查发票的合规性，包括但不限于发票的真实性、开具方的资质、发票内容的准确性等。若发现发票存在虚假、伪造或不合规情况，应及时向税务机关举报，并拒绝使用该发票进行抵扣或报销。
实际操作建议：
- 明确服务内容：在签订居间服务合同时，双方应明确服务内容、金额、税率（如适用）等关键条款，以避免后续争议。
- 索取合规发票：购买方应要求代理方依法开具增值税专用发票（如适用），并确保发票内容真实、准确、合规。
- 咨询税务机关：对于不确定能否抵扣或发票合规性的情况，建议购买方及时咨询当地税务机关或专业税务律师，以获取准确指导。
总结来说，国际货物运输代理收取的居间服务发票能否抵扣及其合法性，取决于服务内容是否属于增值税应税范围、代理方是否依法开具增值税专用发票以及发票内容是否真实、准确、合规。在处理此类问题时，建议双方明确服务内容、索取合规发票，并在必要时咨询税务机关或专业税务律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。