双方互开发票且货款互抵的行为是否合法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若双方存在真实交易且互抵行为符合合同约定及税法规定，则合法
   根据《民法典》及税法相关规定，若双方存在真实的货物或服务交易，且互开发票的行为符合合同约定（如双方协商一致通过抵销债务方式结算），同时发票的开具符合《发票管理办法》要求（如真实、完整、与实际交易相符），则货款互抵行为合法。例如：A公司向B公司销售货物，B公司向A公司提供服务，双方约定以货款抵销服务费，并各自开具对应金额的发票，此行为合法。

2. 若互抵行为缺乏真实交易背景或违反税法规定，则可能违法

   • 无真实交易：若双方无实际货物或服务交易，仅通过开具发票虚构交易以套取资金、逃避税收（如“空转”“走账”），则涉嫌虚开发票，违反《刑法》第二百零五条及《发票管理办法》第二十二条，可能面临刑事处罚或行政处罚。
     
   • 发票开具不规范：若互开发票时存在金额不实、品名不符、未按规定缴纳税款等情形（如高开低抵、虚增交易金额），则违反税法规定，可能被税务机关认定为偷税或虚开发票，需补缴税款、滞纳金及罚款。
     
   • 违反合同约定：若双方未在合同中明确约定货款互抵条款，或一方单方主张抵销而未取得对方同意，则可能构成违约，需承担民事责任。

实务建议：

• 确保互抵行为基于真实交易，并在合同中明确约定抵销条款（如抵销金额、方式、时间等）；
  
• 严格按税法规定开具发票，确保发票内容与实际交易一致，并依法申报纳税；
  
• 避免以互抵名义虚构交易或逃避税收，否则可能面临刑事及行政责任。
  

如有具体交易场景或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询。