关于个人代开运输费发票是否违法的问题，这主要取决于具体的操作是否符合税法规定。个人代开运输费发票本身并不违法，但必须确保业务真实、流程合规，并依法纳税。以下是对此问题的详细解析：
一、税务属性与法律规定
个人从事货运业务取得的收入属于“经营所得”，根据《中华人民共和国个人所得税法》，需按年度收入总额减除成本、费用及损失后的余额计算应纳税所得额，并适用5%至35%的超额累进税率。因此，个人代开运输费发票，是依法纳税的一种表现，只要业务真实、流程合规，就不违法。
二、代开发票的流程与税率
自行在税务大厅开具：
- 您需要携带身份证明、劳务合同等材料至税务机关申请代开。
- 税率方面，您需缴纳1%的增值税、0.06%的附加税，以及由企业代扣代缴的20%~40%个人所得税（具体比例依据个人所得金额而定）。
税收扶持园区代开：
- 在某些税收扶持园区，您可以提供合同和业务真实承诺书，由专业人员安排代开。
- 税率上，个税可按0.5%~1.5%核定征收，综合税率在1.56%~2.56%之间，且开票时即缴清税款，无需受票方代扣代缴。但需注意，这种代开方式需确保业务真实，并符合当地税收扶持园区的规定。
三、个人所得税的申报与缴纳
- 您需按季度预缴个人所得税，基于季度收入总额减除成本、费用及损失后的余额计算应预缴税额。
- 季度终了后15日内，您需向经营管理所在地主管税务机关报送《个人所得税经营所得纳税申报表（A表）》。
- 次年3月31日前，您还需办理年度汇算清缴，计算全年应纳税所得额和应纳税额，减去已预缴税额后多退少补。
四、注意事项与风险提示
- 业务真实性：确保代开发票的业务真实，避免税务风险和法律责任。虚假代开发票是违法的，一旦查实，将面临严重的税务处罚。
- 发票备注信息：代开运费发票时，需在备注栏注明起运地、到达地、车种车号及运输货物信息等，以符合税务规定。
- 税收优惠利用：虽然税收扶持园区代开发票可享受更低税率，但需注意限额和条件。如每人每年最高可代开金额通常不超过400万元，且需确保业务真实、符合当地政策。
- 专业咨询：建议个人在代开发票前咨询当地税务机关或专业税务人员，以确保准确了解税率、限额及申报流程，避免因不了解政策而引发税务风险。
五、特定情况下的免税或减税政策
- 如果您月销售额未超过10万元（或季度销售额未超过30万元），可以享受免征增值税的政策。
- 特定的运输服务，如销售自产农产品过程中的运输服务等，可能根据具体的税收政策和业务实质来判断是否适用免税政策。但这种情况较为特殊，需具体分析。
总结：个人代开运输费发票本身并不违法，但必须确保业务真实、流程合规，并依法纳税。为确保准确了解自身的税务义务和可能的税收优惠，建议您在代开发票前咨询当地的税务机关或专业的税务顾问。他们可以根据您的具体情况提供更详细和准确的指导。