结论：在甲方乙方签订49万合同，且甲方让第三方代付款的情况下，发票的开具对象应主要依据合同约定以及实际交易情况来确定，通常发票应开具给乙方（收款方），但若合同中有特别约定或存在特殊情况，也可能开具给第三方或其他主体。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 在合同纠纷中，合同是双方权利义务的基础。如果合同中明确规定了发票的开具对象，那么应严格按照合同约定执行。例如，合同可能约定“发票应开具给乙方，但付款由第三方代为支付”，在这种情况下，发票自然应开具给乙方。
   • 如果合同中没有明确约定发票的开具对象，那么需要依据相关法律法规和交易习惯来确定。

2. 实际交易情况：

   • 在实际交易中，发票的开具通常与收款方相对应。即，谁收款，发票就开具给谁。这是为了确保税收的准确性和合规性，避免税收漏洞和逃税行为。
   • 在本案例中，虽然甲方让第三方代付款，但乙方仍然是合同的收款方。因此，从交易习惯和税收合规性的角度来看，发票应开具给乙方。

3. 特殊情况考虑：

   • 如果存在特殊情况，如甲方与第三方之间有特别的约定，或者第三方要求发票开具给自己以便进行财务处理或税务抵扣等，那么可能需要根据实际情况进行调整。但这种情况需要双方（或三方）进行协商，并在合同中明确约定，以避免后续纠纷。
   • 另外，如果第三方代付款的行为构成了债权转让或债务承担等法律关系的变化，那么发票的开具对象也可能需要相应调整。但这种情况相对复杂，需要具体分析合同内容和相关法律法规。

4. 法律建议：

   • 为了避免后续纠纷和确保税收合规性，建议在合同中明确约定发票的开具对象。如果合同中没有约定或约定不明确，双方应及时沟通并达成补充协议。
   • 如果涉及特殊情况或复杂法律关系的变化，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

可能后果：如果发票开具对象不符合合同约定或实际交易情况，可能会导致税收不合规、发票无效或引发合同纠纷等后果。因此，在开具发票时务必谨慎对待，确保符合相关法律法规和合同约定。

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