针对您提出的“施工业务合同约定第三方代付给乙方，发票如何开具”的问题，我们可以根据国家税务总局的相关规定来进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，在施工业务中，发票的开具应当遵循实际业务发生的情况，即按照“谁提供服务，谁开具发票”的原则进行。这是确保税收合规和财务透明的重要基础。

现在，针对您提到的具体情况——合同约定第三方代付给乙方，我们可以这样理解：虽然款项是由第三方代付的，但实际的施工服务是由乙方提供的。因此，根据税收法规，发票应当由提供服务的乙方开具给接受服务的甲方（或实际支付款项的第三方，如果第三方是作为实际接受服务的一方或其代表）。

进一步地，如果存在内部授权或三方协议的情况，即乙方授权第三方（如集团内的其他纳税人）为甲方提供建筑服务，并由第三方直接与甲方结算工程款，那么根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》的规定，可以由第三方缴纳增值税并向甲方开具增值税发票。这种情况下，乙方（即原施工方）不直接参与发票的开具和税款的缴纳。

然而，在您的具体情境中，如果第三方仅仅是代付款项，而并未被授权提供建筑服务或结算工程款，那么发票仍然应当由乙方开具给甲方（或实际支付款项的第三方，如果其要求）。乙方在开具发票时，应确保发票上的内容（如服务名称、金额等）与实际提供的施工服务相符。

最后，为了确保税收合规和避免潜在的税务风险，建议您在合同中明确约定发票的开具方式和税款的缴纳责任，并留存好相关资料（如合同、付款凭证、发票等）以证明企业资金的流向和业务的真实性。

综上所述，发票的开具应当根据实际业务发生的情况进行，确保由提供服务的乙方（或被授权的第三方）开具给接受服务的甲方（或实际支付款项的第三方）。同时，建议您在合同中明确相关条款并留存好相关资料。