针对您提出的“签订三方协议甲方直接给供货方打款的话发票怎么开”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

在涉及三方协议的开票问题时，我们首先要明确的是，开票方式应由业务实质和协议中的具体约定来决定，同时需严格遵守相关的税收法规。针对您描述的具体情形——甲方直接给供货方打款，我们可以从以下几个方面来分析开票方法：

一、业务实质分析

1. 交易关系：首先，我们需要明确甲方、供货方以及可能存在的其他方（如乙方，若协议中涉及）之间的交易关系。在您描述的情形中，甲方是付款方，供货方是收款方，但交易的具体内容（如货物或服务的提供）可能涉及另一方（如乙方是购买方，但款项由甲方代付）。

2. 资金流向与发票流向：资金从甲方流向供货方，但发票的开具应反映真实的交易关系。即，发票应由提供货物或服务的一方开具给实际接收货物或服务的一方。

二、开票方法建议

1. 若甲方是代付款方：

   • 如果甲方仅是代乙方支付款项给供货方，而实际的交易是乙方从供货方购买货物或服务，那么发票应由供货方开具给乙方。
   • 在此情况下，甲方作为代付款方，不涉及发票的开具。但甲方应确保有乙方出具的代付款委托书或相关协议，以证明其代付款的合法性。

2. 若甲方是实际购买方：

   • 如果甲方直接从供货方购买货物或服务，并直接支付款项，那么发票应由供货方开具给甲方。
   • 在此情况下，三方协议应明确甲方作为购买方的身份，以及供货方作为销售方的身份，确保发票的开具与交易关系一致。

3. 特殊情形处理：

   • 如果三方协议中存在更复杂的交易结构，如甲方、乙方和供货方共同参与一个项目，且款项和发票的流向涉及多方，那么应根据各方在项目中的具体分工和收入分配情况来开票。
   • 例如，如果甲方负责项目的管理和协调，乙方提供部分货物或服务，供货方提供另一部分货物或服务，且款项由甲方统一支付给供货方和乙方（或通过其他方式分配），那么发票的开具应根据各方实际提供的货物或服务来分别进行。

三、开票注意事项

1. 确保发票信息准确：无论哪种情况，都应确保发票上的购买方和销售方名称、纳税人识别号等基本信息准确无误，以及货物或服务的详细描述、数量、单价等交易信息清晰明确。

2. 遵循税收法规：在开具发票时，应严格按照规定的税率和征收率进行开具，不得虚开、漏开或错开发票。

3. 保存相关凭证：应妥善保存三方协议、合同、付款凭证等相关资料，以备税务机关检查或后续纠纷处理。

4. 咨询专业意见：由于实际情况可能复杂多变，且税收法规可能随时更新，建议在开票前咨询当地税务局或专业律师的意见，以确保开票方式的合法性和合规性。

综上所述，针对您提出的问题，开票方式应根据业务实质和协议中的具体约定来决定。在甲方直接给供货方打款的情况下，如果甲方是实际购买方，则发票应由供货方开具给甲方；如果甲方是代付款方，则发票应由供货方开具给实际购买方（如乙方）。同时，应确保发票信息的准确、遵循税收法规、保存相关凭证，并在必要时咨询专业意见。