关于您提出的“第三方代为履行合同，发票如何开具”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确合同交易的本质和发票开具的原则。在一般的商业交易中，发票是由提供商品或服务的一方（即销售方或服务提供方）开具给购买方或服务接受方的。发票是交易的真实凭证，反映了交易双方的经济活动情况。

现在，考虑到您提到的场景中涉及第三方代为履行合同的情况，我们可以根据以下逻辑来推断发票的开具方：

1. 合同关系的确认：

   • 在您描述的场景中，A公司与B公司签订了交易合同，A公司是付款方，B公司是收款方并提供相应的商品或服务。
   • 尽管双方协商由第三方C公司代收合同款，但这并不改变A公司与B公司之间的合同关系。C公司只是作为代收方，并未成为合同当事人。

2. 发票开具的原则：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，发票应当由发生经营业务并确认营业收入的单位或个人开具。
   • 在此场景下，B公司是实际提供商品或服务并确认营业收入的一方，因此应当由B公司向A公司开具发票。

3. 法律合规性：

   • A公司与B公司约定由第三人C公司代收合同款的行为是合法的，但这并不改变发票开具的责任方。
   • C公司作为代收方，不得以其名义向A公司开具发票，否则将涉嫌非法代开发票。

综上所述，即使在第三方代为履行合同款的情况下，发票仍然应当由实际提供商品或服务的B公司开具给A公司。这样做既符合发票开具的原则，也确保了交易的合法性和合规性。

希望这个解答能够清晰地解决您的疑问。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。