针对您提出的问题，即“甲方与乙方签施工合同，乙方又用丙方与甲方签合同，丙方出具发票，甲方如何付款”，我们需要从合同关系、发票开具以及付款流程三个方面进行详细分析。

一、合同关系分析

1. 原始合同关系：甲方与乙方签订了施工合同，这意味着乙方有义务按照合同约定为甲方提供施工服务。

2. 后续合同关系：乙方又使用丙方与甲方签订了另一份合同（或可能是以丙方的名义与甲方进行了某种形式的合作安排）。这里需要明确的是，如果这份后续合同并未改变原始施工合同的核心内容和义务，且得到了甲方的认可，那么它可能被视为对原始合同的一种补充或变更。然而，如果这份后续合同实际上是将乙方的义务转移给了丙方，而未经甲方明确同意，那么这可能构成违约。

二、发票开具分析

根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定：

• 发票开具原则：销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。

• 虚开发票禁止：任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。

在您描述的情况中，如果丙方并未实际提供施工服务，而是仅仅因为某种原因（如乙方无法直接收款）而代乙方开具发票，这很可能构成虚开发票，是违法的。

三、付款流程建议

1. 核实合同关系：甲方应首先核实与乙方和丙方的合同关系，确保所有合同都是合法、有效且得到各方明确同意的。

2. 确认发票合规性：甲方在收到丙方开具的发票时，应仔细核对发票内容是否与实际提供的服务相符。如果发票内容与实际服务不符，甲方有权拒绝接受并要求重新开具合规的发票。

3. 付款流程：

   • 如果丙方是实际提供服务的主体，且发票内容合规，那么甲方可以按照合同约定向丙方付款。
   • 如果丙方并非实际提供服务的主体，而是仅仅代乙方收款或开具发票，那么甲方应坚持向乙方付款，并要求乙方提供合规的发票。
   • 在任何情况下，甲方都应确保付款流程符合相关法律法规和合同约定，避免涉及虚开发票等违法行为。

4. 法律咨询：如果甲方对合同关系、发票开具或付款流程存在疑问，建议咨询专业律师或税务顾问，以确保所有操作都合法合规。

综上所述，甲方在付款前应仔细核实合同关系、发票合规性，并遵循相关法律法规和合同约定进行付款。如果涉及复杂的法律或税务问题，建议寻求专业咨询。