关于能否以迟到为由扣除全部绩效的问题，结论前置如下：

1. 若用人单位规章制度或劳动合同中有明确且合法的规定，且扣除幅度合理，则可以扣除部分绩效工资，但通常不能扣除全部绩效。
2. 若规章制度或劳动合同中无相关规定，或规定不合法、扣除幅度不合理，则用人单位不能以迟到为由扣除全部绩效工资。

详细分析如下：

一、合法扣除绩效工资的情况

1. 规章制度明确规定：

   • 用人单位依法制定的规章制度中，必须明确将迟到行为与绩效工资挂钩，并详细规定扣减办法。例如，规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定需通过民主程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。
   • 示例：公司规章制度中明确规定，员工每月迟到累计达到3次，将扣除当月绩效工资的10%。若该规定合法有效，且已向员工公示，则公司可以依据此规定扣除相应绩效工资。

2. 劳动合同有相关约定：

   • 劳动合同中应包含关于迟到与绩效工资关系的明确条款，且该条款不得违反法律法规的强制性规定。
   • 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到5次，用人单位有权按照当月绩效工资的20%进行扣减”，且该约定合法有效，则公司可以依据此约定扣除绩效工资。

3. 扣除幅度合理：

   • 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减绩效工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。
   • 不合理示例：若公司规定迟到一次就扣除当月全部绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法，因为这明显超出了合理范围，损害了劳动者的基本权益。

二、不合法扣除绩效工资的情况

1. 规章制度不合法：

   • 若用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力。
   • 示例：公司新出台迟到扣绩效工资的规定，但未经过职工大会讨论或公示，员工对此并不知情，则此规定无效，公司不能依据此规定扣除绩效工资。

2. 无相关约定或规定：

   • 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，则用人单位不得随意扣除。
   • 示例：劳动合同和公司规章制度中均未提及迟到与绩效工资的关系，公司却以迟到为由扣除员工绩效工资，这是不合法的行为。

3. 扣除幅度不合理：

   • 即使规章制度或劳动合同中有规定，但如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月全部绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。

三、员工权益保护

• 如果劳动者认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如劳动合同、规章制度、考勤记录等，以证明用人单位的行为不合法。

总结：迟到是否可以扣绩效工资，需综合考虑用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。用人单位在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。