迟到扣款是否违法，特别是扣除绩效部分，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
一、合法性判断的基础：规章制度
规章制度需合法：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，并且该规章制度已经按照上述程序制定并公示或告知了劳动者，那么该条款在法律上通常是有效的。
规章制度需合理：
- 规章制度的内容应当合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能显失公平。例如，如果规章制度中规定的迟到扣款金额过高，或者扣款方式不合理（如一次性扣除全部绩效），那么该条款可能会因为不合理而被认定为无效。
二、扣款的具体情况分析
扣除绩效部分：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了迟到可以扣除绩效部分，并且该规定合法合理，那么用人单位在劳动者迟到的情况下扣除其绩效部分通常是合法的。
- 但是，如果规章制度中没有明确规定可以扣除绩效部分，或者规定的内容与法律法规相抵触，那么用人单位扣除劳动者绩效部分的行为就可能是违法的。
扣款金额的限制：
- 即使规章制度中规定了迟到扣款，扣款金额也应当合理。一般来说，扣款金额不应超过劳动者当月工资的20%，并且扣除后的剩余工资不应低于当地的最低工资标准。如果扣款金额过高，可能会被视为克扣工资，从而违反法律法规。
三、实际操作中的建议
审查规章制度：
- 劳动者在入职时应当仔细审查用人单位的规章制度，特别是关于迟到扣款的规定。如果发现规章制度中存在不合理或违法的条款，可以向用人单位提出异议或寻求法律帮助。
保留证据：
- 如果劳动者认为用人单位的迟到扣款行为违法，应当保留相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以便在需要时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对用人单位的迟到扣款行为有疑问或不满，可以向专业律师咨询或寻求法律帮助。律师可以根据具体情况为劳动者提供法律建议或代理劳动者进行劳动仲裁或诉讼。
总结来说，迟到扣款是否违法，特别是扣除绩效部分，取决于用人单位的规章制度是否合法合理以及扣款的具体情况。如果规章制度合法合理且扣款金额合理，那么迟到扣款通常是合法的；反之，则可能是违法的。如果你对用人单位的迟到扣款行为有疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供法律建议。