员工迟到扣款是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法情形
公司规章制度明确且合理：
- 如果公司在员工手册、劳动合同或相关规章制度中明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款行为是合法的。
- 扣款金额应合理，通常不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工月工资为5000元，迟到一次扣款不应超过1000元，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
扣款用于弥补损失：
- 如果因员工迟到给公司造成了实际经济损失（如生产延误、客户流失等），公司有权要求员工赔偿部分或全部损失。此时，扣款可以视为一种合理的经济处罚措施，但需确保扣款金额与实际损失相当，且不超过法定限制。
二、违法情形
未经法定程序制定规章制度：
- 如果公司的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力。公司依据此类规章制度进行扣款可能构成违法行为，劳动者有权要求公司返还所扣工资。
扣款金额不合理：
- 如前所述，扣款金额应合理，不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣款金额过高，可能构成对劳动者合法权益的侵害，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
以迟到为由恶意克扣工资：
- 如果公司以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。劳动者有权通过法律途径维护自己的权益，要求公司支付克扣的工资及相应赔偿。
三、法律建议
- 与公司沟通：如果员工认为公司的扣款行为不合理或违法，可以先与公司进行友好协商，明确指出公司扣钱行为不符合法律规定，要求其返还所扣工资，并停止该违法行为。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据（如考勤记录、工资条等），劳动监察部门会依法对公司的违法行为进行查处。
- 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益，要求公司支付克扣的工资及相应赔偿。
总结来说，员工迟到扣款是否违法取决于公司规章制度的合法性、扣款金额的合理性以及扣款目的的正当性。如果遇到不合理或违法的扣款行为，员工应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。