结论前置：员工打卡迟到扣钱是否犯法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度合法性角度
- 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣钱的条款，且该规章制度是经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商确定等）、已向员工公示或告知，同时扣钱的标准合理（如扣款金额不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准），那么公司因员工迟到扣钱是合法的。例如，公司规定迟到一次扣20元，且该规定符合上述民主程序制定、公示告知以及扣款标准合理等条件，此时公司扣钱行为合法。
- 违法情形：若公司规章制度未经过民主程序制定，或者未向员工公示、告知，又或者扣钱标准不合理（如扣款金额过高，导致员工当月工资低于当地最低工资标准），那么公司因员工迟到扣钱就是违法的。比如，公司规定迟到一次扣500元，且该规定未经过民主程序制定也未公示，此时公司扣钱行为违法。
劳动合同约定角度
- 合法情形：如果劳动合同中明确约定了员工迟到扣钱的相关条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准等），那么公司依据劳动合同约定因员工迟到扣钱是合法的。例如，劳动合同中约定员工每月迟到超过3次，每次扣30元，且该约定不违反相关法律法规，此时公司扣钱行为合法。
- 违法情形：若劳动合同中约定的迟到扣钱条款违反了法律法规的强制性规定（如约定扣款后员工工资低于当地最低工资标准），那么该条款无效，公司依据此无效条款因员工迟到扣钱就是违法的。比如，劳动合同中约定员工迟到一次扣当月工资的30%，这明显违反了最低工资标准的规定，此时公司扣钱行为违法。
扣钱目的与合理性角度
- 合法情形：公司扣钱的目的应当是为了维护正常的生产秩序和工作纪律，且扣钱金额应当与员工迟到的行为给公司造成的损失相适应。如果公司扣钱是为了合理的管理目的，且扣款金额合理，那么公司因员工迟到扣钱是合法的。例如，员工迟到导致公司错过了一个重要的业务机会，给公司造成了一定的经济损失，公司根据实际情况扣员工一定金额的钱作为补偿，且该金额合理，此时公司扣钱行为合法。
- 违法情形：若公司扣钱的目的并非为了维护正常生产秩序和工作纪律，而是为了变相克扣员工工资，或者扣钱金额明显超过了员工迟到行为给公司造成的损失，那么公司因员工迟到扣钱就是违法的。比如，公司以员工迟到为由，每月无故扣员工大量工资，且无法证明员工迟到给公司造成了相应损失，此时公司扣钱行为违法。
法律建议：
- 对于员工而言，如果认为公司因迟到扣钱的行为违法，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在制定规章制度和劳动合同条款时，应当确保相关条款合法合规；在执行扣钱等管理措施时，也应当确保目的合理、金额适当，避免引发劳动纠纷。
可能法律后果：
- 如果公司因迟到扣钱的行为违法，员工有权要求公司返还被扣的工资，并可能要求公司支付经济补偿金等。
- 如果员工因对公司扣钱行为不满而采取过激行为（如罢工、破坏公司财物等），也可能面临相应的法律责任。因此，建议双方都通过合法途径解决纠纷。