员工由于迟到被罚钱是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、罚款的合法性基础与条件

1. 法律依据：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可因劳动者本人原因给单位造成经济损失而扣除工资，但需满足两个条件：一是存在经济损失事实，二是扣除金额不得超过月工资的20%且不得低于最低工资标准。罚款作为行政处罚权，原则上属于行政机关职权范围。企业若实施罚款，需通过民主程序制定规章制度并公示，确保员工知情且同意。

2. 合法性条件：

   • 制度依据：公司必须有明确、合法的规章制度规定迟到罚款事项，且该制度需经民主程序制定并向员工公示。
   • 合理性：罚款金额应合理，避免过度惩罚或显失公平。例如，单次迟到罚款不应过高，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
   • 证据支持：公司需提供充分证据证明员工迟到行为及造成的实际损失（如影响工作进度等）。

二、不同情形下的法律判定

1. 合法情形：

   • 若公司通过集体协商将迟到纳入绩效考核，并在劳动合同中约定相应扣减规则，则扣款具有合法性。例如，某公司经工会讨论通过的考勤制度明确规定“每月累计迟到3次以上者，绩效奖金减少10%”，该条款符合法定程序，且扣款与员工过错程度相适应，因此合法。

2. 违法情形：

   • 无制度依据：公司未制定相关规章制度即随意罚款，构成违法行为。
   • 超权限罚款：直接以现金形式处罚员工，既缺乏法律依据又涉嫌侵犯财产权。
   • 不合理扣款：如单次迟到罚款过高或扣除全部日薪，明显超出合理范围，可能构成违法。

三、法律风险与合规建议

1. 法律风险：

   • 违法罚款可能引发劳动纠纷，导致公司承担经济赔偿责任，并损害企业形象。

2. 合规建议：

   • 完善制度：依法制定考勤管理制度，明确迟到处理标准及申诉流程，确保制度合法、合理且公示。
   • 替代措施：采用警告、培训等非经济性惩戒方式，或通过绩效考核间接调整薪酬，避免直接罚款。
   • 强化沟通：及时向员工说明制度内容，保障其知情权与参与权，减少误解和纠纷。

四、员工权益保护

• 如果员工认为公司迟到罚钱的行为侵犯了自己的合法权益，首先可以尝试与公司进行协商解决。
• 协商不成的，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自身权益。

总结：员工由于迟到被罚钱是否违法，关键在于公司是否有合法的规章制度、罚款金额是否合理以及是否提供了充分证据支持。公司应依法制定规章制度，明确迟到处理标准，并避免过度惩罚或显失公平。员工在遇到不合理罚款时，也应积极采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。