结论前置：关于公司因员工迟到扣钱是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从多个角度对此问题的详细分析：
合法情况
规章制度明确且合法：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，这些制度应明确规定迟到的扣钱标准，并且规章制度的制定需经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。
- 解析：如果公司依据上述程序制定了关于迟到扣钱的规章制度，并且该制度内容合法、合理，那么公司依据此制度对迟到员工进行扣钱，是行使用工自主权的体现，不违反法律。
劳动合同有约定：
- 解析：若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定扣钱也是合法的。这种情况下，扣钱行为是基于双方自愿达成的合同条款。
扣除金额合理：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 解析：即使公司有合法的规章制度或劳动合同约定，扣钱金额也必须合理，不能过高，否则可能构成违法克扣工资。
不合法情况
缺乏规章制度或未公示：
- 解析：如果公司未依法制定关于迟到扣钱的规章制度，或者制定了但未进行公开公示并告知员工，那么对迟到员工的扣钱行为可能不合法。因为员工有权知晓并理解公司的规章制度，未公示的制度对员工不具有约束力。
扣罚金额不合理：
- 解析：如果扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或者扣除比例显失公平，那么公司的扣钱行为可能违反法律。这种情况下，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
特殊情况下的迟到：
- 解析：如果员工因不可抗力（如自然灾害、交通事故等）或公司安排的事务而迟到，公司仍扣工资则不合理。在这种情况下，公司应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。
其他注意事项
- 劳动者权益保护：如果劳动者认为用人单位的迟到扣工资规定不合理或存在违法情况，可以通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
- 法律法规的适用：在处理迟到扣工资等劳动争议时，除了参考《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》外，还需关注其他相关法律法规和司法解释的规定，以确保争议得到妥善解决。
总结与建议：公司因员工迟到扣钱是否合法，取决于规章制度的制定和执行是否符合法律规定、扣罚措施是否合理以及是否存在特殊情况等因素。作为员工，如果遇到不合法或不合理的扣钱行为，应及时向公司提出异议或寻求法律援助；作为公司，在制定和执行相关规章制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工，以维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。