公司一般不能单纯以迟到早退为由随意扣工资，但特定情况下可以依据合法有效的规章制度进行合理扣除。以下从不同角度进行分析：
法律背景与规定
《工资支付暂行规定》的相关规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 这意味着，如果迟到早退并未直接导致公司经济损失，或者经济损失无法量化，那么公司不能随意扣除工资。
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了迟到早退的处罚措施，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以依据这些规定进行处罚，包括扣除工资。但处罚措施必须合理，不能过度惩罚。
实际操作与建议
公司规章制度：
- 公司应制定合法、合理、明确的规章制度，明确迟到早退的定义、处罚措施以及扣除工资的具体标准。这些规章制度应经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，以确保其法律效力。
- 如果公司规章制度中未明确规定迟到早退的处罚措施，或者规定不明确、不合理，那么公司不能随意扣除工资。
扣除工资的合理性：
- 即使公司规章制度中规定了迟到早退的处罚措施，扣除工资也必须合理。例如，不能因为一次迟到就扣除全天工资，或者扣除的工资数额远超过实际损失。
- 如果扣除的工资数额不合理，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的工资。
劳动者权益保护：
- 劳动者应了解自己的权益和义务，遵守公司的规章制度。如果认为公司扣除工资的行为不合理或违法，可以与公司协商解决，或者向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。
- 在处理此类纠纷时，劳动者应保留好相关证据，如考勤记录、工资条、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
可能的法律后果
- 如果公司未经合法程序制定规章制度，或者规章制度中的处罚措施违反法律法规的强制性规定，那么这些规章制度可能被认定为无效。公司依据无效规章制度扣除工资的行为，可能面临被劳动监察部门处罚、被劳动者申请劳动仲裁要求返还工资等法律后果。
- 如果公司扣除工资的行为被认定为违法或不合理，除了需要返还被扣除的工资外，还可能面临支付赔偿金、加付赔偿金等法律责任。
总结与建议：公司不能单纯以迟到早退为由随意扣工资，必须依据合法有效的规章制度进行合理扣除。劳动者应了解自己的权益和义务，遵守公司规章制度，并在认为公司扣除工资行为不合理或违法时，及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。