关于单位是否可以以上班迟到的理由扣员工工资的问题，这并非一个简单的“可以”或“不可以”的答案，而是需要依据具体情况和法律法规来综合判断。
首先，我们要明确的是，公司不可以随意以迟到为由扣员工工资。这一行为必须建立在合法有效的规章制度之上，并且需要确保扣薪行为既合理又符合法定程序。
那么，在什么情况下公司可以扣工资呢？
规章制度的合法性：公司必须已经制定了合法且有效的规章制度，其中明确将迟到列为违纪行为，并设定了合理的扣薪标准。这些规章制度的制定需要遵循《劳动合同法》的相关规定，比如应经过职工代表大会或全体职工的讨论，与工会或职工代表进行平等协商，并确保内容既合法又合理。
规章制度的公示与告知：规章制度制定完成后，公司需要通过适当的方式，如公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等，确保每位员工都充分了解并知晓迟到会被扣工资以及具体的扣薪规则。
扣薪幅度的合理性：扣薪的幅度必须保持在合理范围内。不能因为员工迟到一次就扣除过多工资，以至于影响其基本生活。扣除的工资数额应该与迟到给公司造成的实际损失相当，以确保扣薪行为的公正性和合理性。
然而，在以下情况下，公司以迟到为由扣员工工资则是不合法的：
规章制度不合法或未制定：如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（比如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），那么公司就不能以迟到为由扣工资。
扣薪幅度不合理：如果公司扣薪的幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，即使公司有规章制度，该扣薪行为也可能被认定为违法。
缺乏法律依据：根据现行的法律法规，如《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》等，并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。因此，如果公司仅仅以迟到为由直接扣除员工工资，而没有其他合法依据，那么这就构成了对劳动者合法权益的侵犯。
如果劳动者认为公司以迟到为由扣工资的行为不合法，应该如何应对呢？
劳动者可以先尝试与公司进行协商解决，通过沟通来达成和解。如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益，确保得到公正的处理结果。
综上所述，公司在处理员工迟到问题时，必须严格遵循法律法规的要求，制定合法有效的规章制度，并确保扣薪行为的合理性和合法性。同时，劳动者也应该了解自己的权益和义务，在遇到不合法的扣薪行为时及时采取措施来维护自己的合法权益。