结论前置：员工上班迟到，公司是否可以扣钱需分情况讨论，主要取决于公司的规章制度是否合法有效，以及扣钱的幅度是否合理合法。
一、公司有合法有效的规章制度，且扣钱幅度合理
制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤制度、工资扣除制度等）时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需要向员工进行公示或告知。
- 如果公司有经过合法程序制定的规章制度，并且该规章制度中明确规定了员工迟到要扣工资，那么公司按照规定扣工资是有一定法律依据的。
扣钱合理性：
- 即便公司有合法的制度规定，扣工资的数额也应当合理，不能过高。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但从劳动者本人的工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 合理性的判断通常基于迟到给公司造成的实际损失。一般来说，扣除的工资数额应该与这一实际损失相匹配。例如，如果员工迟到几分钟，公司扣除其当天全部工资显然是不合理的。
二、公司无合法有效的规章制度，或扣钱幅度不合理
无相关制度或规定不合法：
- 如果公司没有经过合法程序制定关于迟到扣工资的规章制度，或者虽然有制度但没有向员工公示或告知，那么公司扣工资的行为是不合法的。
- 在这种情况下，员工有权要求公司返还扣除的工资。若公司拒绝返还，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
扣钱幅度不合理：
- 如果公司扣除的工资数额超过了合理限度，如迟到几分钟就扣除当天全部工资，或者扣除后的工资低于当地最低工资标准，这种做法也是不合法的。
- 员工同样有权要求公司返还多扣除的工资，并可以通过法律途径来维护自己的权益。
三、实际操作建议与特殊情况考虑
明确规章制度与执行：
- 公司应在员工入职时明确告知迟到扣款的相关规定，并确保员工签署知情同意书。
- 执行时应根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚，以维护员工的积极性和工作满意度。
特殊情况的灵活处理：
- 对于不可抗力因素导致的迟到，如自然灾害、交通事故等，公司一般不应扣工资。
- 对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式。
员工维权途径：
- 如果员工认为公司的迟到罚款不合理或未按规定程序制定，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在整个过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、规章制度文本、沟通记录等，以便在需要时进行维权。
示例说明：假设某公司规定员工迟到一次扣50元，且该规定已经过合法程序制定并公示告知员工。某员工当月迟到两次，公司扣除其100元工资。如果该员工的当月工资扣除100元后仍不低于当地最低工资标准，且扣除的数额与迟到给公司造成的实际损失相匹配，那么公司的做法是合法的。反之，如果公司扣除的数额过高或未按规定程序制定规章制度，则员工的做法是不合法的，员工有权要求公司返还多扣除的工资。
综上所述，员工上班迟到公司是否可以扣钱需分情况讨论。公司在处理此类问题时，应确保有合法有效的规章制度作为依据，并且扣钱的幅度需合理合法。员工也应了解自己的权益和义务，在遭遇不合法或不合理的扣款时，及时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。