结论前置：劳动法本身并未直接规定迟到是否可以扣工资，但用人单位在符合特定条件的情况下，是可以对迟到员工进行工资扣除的，不过这一过程必须合法、合理且透明。
合法扣工资的关键要素
明确的规章制度：
- 用人单位需制定合法有效的规章制度，并明确其中关于迟到扣工资的具体条款。这一规章制度的制定应遵循《劳动合同法》的相关规定，即经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。例如，某公司制定了员工手册，并通过合法程序（如职工代表大会讨论、与工会协商）确定了迟到扣工资的规定，这样的制度才具备合法性。
规章制度的公示与告知：
- 用人单位必须将包含迟到扣工资规定的规章制度以适当方式公示或告知劳动者。常见的公示方式包括在公司公告栏张贴、组织员工集中学习、让员工签字确认阅读等。只有当劳动者充分知晓并理解相关规定时，用人单位依据该规定扣减工资才具有合理性。
扣除比例的合理性：
- 即使规章制度中规定了迟到可以扣工资，扣除的比例也必须合理。法律虽未设定统一标准，但扣除的工资数额不应过分高于因迟到给用人单位造成的实际损失。根据《工资支付暂行规定》的相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，赔偿金额可从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
不合法扣工资的情形
无制度依据或制度不合法：
- 若用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定未经合法程序，则随意扣除迟到员工的工资是不合法的。
扣除比例过高或不透明：
- 若用人单位扣除迟到工资的比例过高，明显不合理，或未事先明确告知员工扣工资的规定，这些行为都可能被认定为不合法。
劳动者的权益保护
如果劳动者认为用人单位扣迟到工资的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 协商：首先尝试与用人单位协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 投诉：协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据和材料，要求劳动监察部门介入调查并处理。
- 仲裁：如果投诉未果，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要准备充分的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、规章制度文本等，以证明自己的主张。
实际操作建议
- 用人单位：在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并经过民主程序制定和公示告知。在执行迟到扣工资的规定时，应确保扣除比例合理，不得侵害劳动者的基本生活权益。
- 劳动者：在入职时，应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于迟到扣工资的规定。如果认为公司的规定不合法或不合理，应及时向公司提出异议或寻求法律帮助。
综上所述，用人单位在扣除迟到工资时，必须确保有合法的规章制度作为依据，且该制度已得到适当公示和告知。同时，扣除的比例必须合理，不能侵害劳动者的基本生活权益。只有满足这些条件，用人单位的扣工资行为才具有合法性和合理性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。