公司不可以随意以迟到为由扣员工工资，而需依据合法有效的规章制度，并确保扣薪行为合理且符合法定程序。以下是对此问题的详细分析：
可以扣工资的情况
规章制度的合法性：
- 公司必须制定合法有效的规章制度，明确将迟到列为违纪行为，并设定合理的扣薪标准。规章制度的制定需遵循《劳动合同法》第四条的规定，即应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容合法、合理。
- 规章制度制定后，公司应通过公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等方式，确保员工充分了解并知晓迟到会被扣工资以及具体的扣薪规则。
扣薪幅度的合理性：
- 扣薪幅度应保持在合理范围内，不能因迟到一次就扣除过多工资，以免影响劳动者的基本生活。根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 扣除的工资数额应与迟到给公司造成的实际损失相当，确保扣薪行为的公正性和合理性。例如，若员工迟到导致公司错过重要会议或客户，公司可依据实际损失情况合理扣薪。
不可以扣工资的情况
规章制度不合法或未制定：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），则公司不能以迟到为由扣工资。
扣薪幅度不合理：
- 若公司扣薪幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，即使公司有规章制度，该扣薪行为也可能被认定为违法。例如，公司规定迟到一次即扣除当天全部工资，这种规定可能被视为不合理。
缺乏法律依据：
- 根据现行法律法规，《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》等并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。因此，如果公司以迟到为由直接扣除员工工资，而没有其他合法依据，则构成对劳动者合法权益的侵犯。
应对措施
如果劳动者认为公司以迟到为由扣工资的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 与公司协商：首先与公司进行协商解决，尝试通过沟通达成和解。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁：必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益，确保得到公正的处理结果。
举例说明
假设某公司规定员工迟到一次扣50元，且该规定已经过职工代表大会讨论通过并公示。某员工因个人原因迟到一次，公司依据规定扣除了其50元工资。这种情况下，公司的扣薪行为是合法的，因为规章制度合法有效且扣薪幅度合理。
然而，如果公司规定员工迟到一次即扣除当天全部工资，且该规定未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者，那么该规定可能被视为不合法。若公司依据此规定扣除员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，公司在处理员工迟到问题时，应严格遵循法律法规的要求，制定合法有效的规章制度，并确保扣薪行为的合理性和合法性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合法的扣薪行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。