员工早退，用人单位在一定条件下可以扣工资，但需严格遵循相关法律法规和合理原则。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这确立了工资支付的基本原则，即除非有法定或约定的理由，否则用人单位不得随意克扣员工的工资。
《工资支付暂行规定》第十五条、第十六条：
- 第十五条规定了用人单位不得克扣劳动者工资的几种例外情况，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等。
- 第十六条则明确了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、早退扣工资的条件与限制
公司规章制度明确：
- 如果公司的规章制度明确规定了早退属于违纪行为，并规定了相应的处罚措施（如扣工资），且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，那么公司在员工早退时，有权依据规章制度扣发工资。
扣款金额合理：
- 扣款金额应合理，不能过度惩罚员工。一般来说，扣款金额应与早退的时间长短、造成的损失大小等因素相匹配。例如，可以采用按早退时间占正常工作时长的比例来扣除相应工资的方式，计算公式为：应扣工资 = 月工资收入÷月计薪天数÷每日工作小时数×早退小时数。
- 同时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
遵循法定程序：
- 在扣款前，公司应进行调查核实，确保员工确实存在早退行为，并听取员工的解释和申辩。
- 扣款后，公司应向员工提供书面的扣款通知，说明扣款的原因、金额和依据。
三、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如果员工因不可抗力因素（如突发疾病、交通事故等）导致早退，且能提供相关证明，公司通常不应扣发工资。
公司管理责任：
- 如果公司的考勤管理制度不健全或执行不到位，导致员工早退现象频发，公司应承担一定的管理责任，而不应单纯通过扣工资来解决问题。此时，公司应完善考勤管理制度，加强员工教育和管理，以减少早退现象的发生。
四、法律建议与风险提示
对于用人单位：
- 在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，务必确保制度制定程序的合法性，包括经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保制度内容不违反法律法规的强制性规定。
- 扣款制度应明确、具体，包括扣款标准、计算方式及执行程序等，并向劳动者公示或告知，以确保劳动者的知情权。
- 在扣款前，务必进行充分的调查核实，并听取员工的解释和申辩，以避免因程序不当而引发的劳动争议。
对于劳动者：
- 应了解自己的权利和义务，对不合理的扣款行为有权提出质疑并要求解释。
- 如认为用人单位扣款行为违法或不合理，可先与用人单位沟通协商；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
综上所述，员工早退时用人单位可以扣工资，但必须严格遵循相关法律法规和合理原则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。