员工迟到早退，用人单位在一定条件下可以扣工资，但必须遵循合法、合理、透明及公正的原则。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这意味着，除非有法定或约定的理由，否则用人单位不得随意克扣员工的工资。
《工资支付暂行规定》：
- 第十五条规定了用人单位不得克扣劳动者工资的例外情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等。
- 第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
二、扣工资的条件与限制
公司规章制度明确：
- 如果公司的规章制度明确规定了迟到早退属于违纪行为，并规定了相应的处罚措施（如扣工资），且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，那么公司在员工迟到早退时，有权依据规章制度扣发工资。
扣款金额合理：
- 扣款金额应合理，不能过度惩罚员工。一般来说，扣款金额应与迟到早退的时间长短、造成的损失大小等因素相匹配。
- 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
遵循法定程序：
- 在扣款前，公司应进行调查核实，确保员工确实存在迟到早退行为，并听取员工的解释和申辩。
- 扣款后，公司应向员工提供书面的扣款通知，说明扣款的原因、金额和依据。
三、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如果员工因不可抗力因素（如突发疾病、交通事故等）导致迟到早退，且能提供相关证明，公司通常不应扣发工资。
公司管理责任：
- 如果公司的考勤管理制度不健全或执行不到位，导致员工迟到早退现象频发，公司应承担一定的管理责任，而不应单纯通过扣工资来解决问题。
四、法律后果与救济途径
违法扣款的法律后果：
- 如果公司违法扣除了员工的工资，员工有权要求公司支付被扣除的工资。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司拒绝支付，员工可以向当地劳动行政部门投诉，或者依法申请仲裁、提起诉讼。
劳动者的救济途径：
- 如认为用人单位扣款行为违法或不合理，劳动者可先与用人单位沟通协商。
- 协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
总结来看，员工迟到早退时，用人单位在一定条件下可以扣工资，但必须遵循合法、合理、透明及公正的原则，并确保扣款行为有明确的法律依据或劳动合同约定。如果公司违法扣除了员工的工资，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。