用人单位因员工迟到早退扣工资，并非绝对不可以，但必须遵循合法、合理、透明及公正的原则。以下是对此问题的详细解析：
一、法律规定与合理性限制
基本法律规定：
- 我国法律并未明确规定迟到早退的具体扣工资标准，但明确保障了劳动者取得劳动报酬的权利。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣工资，除非符合法律规定的特定情形，如代扣税费、社保等。
合理性要求：
- 用人单位制定的迟到早退扣款规章制度需具备合理性。不能因一次迟到就扣除大部分工资，这样的规定显然是不合理的。
- 扣款制度应通过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，确保劳动者知晓并同意。
二、扣款方式与标准
常见扣款方式：
- 按时间计算：如迟到或早退每分钟扣一定金额，或设定基础扣款金额后根据时间增加额外扣款。
- 按次数或时间段计算：如每月允许一定次数的迟到早退，超出后按次或按时段扣款；或设定特定时间段内迟到早退视为请假或旷工处理。
- 综合计算：结合时间、次数及时间段等因素综合计算扣款金额。
扣款标准：
- 法律未明确规定迟到早退扣工资的具体数额标准。但根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求其赔偿经济损失，可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 实践中，若用人单位有合法有效的规章制度对迟到早退扣工资作出规定，且该规定合理，在不违反上述扣除比例限制及最低工资标准的情况下，一般是有效的。
三、特殊情况处理
- 对于因不可抗力等特殊原因（如交通拥堵、突发疾病等）导致的迟到早退，用人单位应酌情处理，避免简单按照常规规定扣款。这样的处理方式既体现了用人单位的人文关怀，也符合法律规定的合理性要求。
四、劳动者权益保护与救济途径
权益保护：
- 劳动者应了解自己的权利和义务，对不合理的扣款行为有权提出质疑并要求解释。
- 用人单位应尊重劳动者权益，确保扣款行为的合法性和合理性。
救济途径：
- 如认为用人单位扣款行为违法或不合理，劳动者可先与用人单位沟通协商。
- 协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
总结来看，用人单位在制定和执行迟到早退扣款制度时，应确保制度的合法性、合理性和透明度。劳动者则应了解自己的权利和义务，积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。