针对您提出的“因迟到扣除全部年终奖是否合法”的问题，这需要从多个方面来综合分析。
首先，我们要明确的是，年终奖是用人单位对员工一年工作表现的奖励，其发放标准和条件通常会在劳动合同、公司规章制度或者入职时的相关文件中有所约定。如果这些文件中明确规定了迟到会扣除全部年终奖，并且该规定经过了民主程序（如职工代表大会讨论）并公示或告知了员工，那么从合同和规章制度的角度来看，公司这样做可能是有依据的。
然而，即便有这样的规定，我们也需要考虑其合理性和合法性。根据《中华人民共和国劳动合同法》以及相关的劳动法规，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当遵循公平、合理、合法的原则，并且不得违反法律法规的强制性规定。迟到是一种违反劳动纪律的行为，但因此扣除全部年终奖可能显得过于严苛，尤其是当迟到次数并不多或者迟到并未给公司造成重大损失时。
另外，如果劳动合同或公司规章制度中并未明确规定迟到会扣除全部年终奖，或者该规定并未经过民主程序并公示或告知员工，那么公司单方面扣除全部年终奖就可能缺乏合法依据。在这种情况下，员工有权要求公司按照合同或规章制度的规定发放年终奖。
具体建议：
收集证据：首先，您需要收集入职offer、劳动合同、公司规章制度、考勤记录等相关证据，以证明您的权益。
与公司协商：在收集到足够证据后，您可以尝试与公司进行协商，要求公司按照合同或规章制度的规定发放年终奖。
申请劳动仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
综上所述，因迟到扣除全部年终奖是否合法，取决于劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的规定。如果规定不明确或者存在瑕疵，或者扣除行为显得过于严苛且缺乏合理性，那么您有权要求公司重新考虑并可能通过法律途径来维护自己的权益。