结论：员工平时迟到扣的钱在年终补齐是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司的规章制度是否合法合理，以及是否遵循了相应的程序。

详细分析：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，并且不能违反法律法规的强制性规定。
   • 如果公司规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，并且该条款不违反法律法规，那么公司有权按照规章制度执行。但关键在于，扣款后年终补齐这一做法是否也在规章制度中有明确规定，且该规定是否合法合理。

2. 扣款与补齐的合理性：

   • 扣款本身如果合理（如迟到确实影响了工作效率或造成了公司损失），并且扣款金额在合理范围内，那么这种扣款行为可能是合法的。
   • 然而，年终补齐这一做法需要谨慎考虑。如果补齐是基于某种奖励机制或公司政策，且该政策对所有员工一视同仁，那么可能没有问题。但如果补齐是出于避免法律纠纷或掩盖非法扣款的目的，那么这种做法可能存在问题。

3. 程序合规性：

   • 公司在制定和执行规章制度时，必须遵循相应的程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商确定等。
   • 如果公司未遵循这些程序，或者规章制度未向员工公示或告知，那么该规章制度可能对员工不产生约束力。

4. 具体案例分析：

   • 假设公司规章制度中明确规定了迟到扣款的金额和条件，并且也规定了年终将根据员工表现补齐部分或全部扣款。如果这一规定合法、合理，并且公司遵循了相应的程序，那么这种做法可能是合法的。
   • 但如果公司规章制度中未提及年终补齐，或者补齐的条件模糊、不公平，或者公司未遵循制定规章制度的程序，那么员工有权对公司的做法提出异议。

建议：

• 对于员工而言，如果认为公司的扣款和补齐做法不合理或违法，可以先与公司沟通协商，了解公司的具体政策和规定。
• 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，应确保规章制度的合法性和合理性，并遵循相应的程序制定和执行。同时，应明确扣款和补齐的条件和标准，以避免不必要的法律纠纷。

可能法律后果：

• 如果公司的做法被认定为违法或不合理，公司可能需要承担相应的法律责任，如支付违法扣款的赔偿金、接受劳动监察部门的处罚等。
• 员工也可能因此对公司失去信任，影响工作积极性和团队氛围。因此，公司应谨慎处理此类问题，确保合法合规。