上班迟到扣年终奖是否合法，需分情况判断：

1. 有合法有效规章制度的情况：

   • 若用人单位有合法有效的规章制度，明确规定上班迟到会扣年终奖，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商等），向劳动者公示（如通过内部公告、员工手册签收等方式），内容不违反法律法规强制性规定，那么扣年终奖是合法的。因为依据《劳动合同法》，用人单位有权通过合法程序制定内部规章制度，规范员工行为和劳动管理。在此情况下，员工知晓制度且迟到违反规定，单位按制度扣年终奖是合理的。

2. 无相关规章制度或制度不合法的情况：

   • 如果单位没有相关规章制度，或者制度制定未履行民主程序、未公示，扣年终奖则不合法。因为规章制度是用人单位管理员工的重要依据，若未经过合法程序制定和公示，对员工不具有约束力。
   • 另外，若制度虽存在，但扣年终奖的标准不合理，比如迟到几分钟就扣除大量年终奖，明显超出合理范围，也可能被认定不合法。因为合理的规章制度应当遵循公平、公正、合理的原则，不得过度侵犯员工的合法权益。

3. 劳动合同有明确约定的情况：

   • 若劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件和方式，且未提及迟到扣年终奖，单位随意扣发也可能构成违约。因为劳动合同是用人单位和劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，双方应当按照约定履行自己的义务。

法律建议：

• 员工遇到此类问题，可先与单位协商，要求单位按照规章制度或劳动合同的约定执行。
• 协商不成，员工可以通过劳动仲裁等途径维护自身权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、规章制度、考勤记录、工资条等，以证明自己的主张。

可能的法律后果：

• 如果用人单位扣年终奖的行为被认定不合法，可能需要承担补发年终奖、支付赔偿金等法律责任。具体责任承担方式需根据实际情况和法律规定进行判断。

总之，上班迟到扣年终奖是否合法，取决于用人单位是否有合法有效的规章制度、劳动合同是否有明确约定以及扣年终奖的标准是否合理等因素。员工在遇到此类问题时，应积极通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。