关于“绩效年底发是否合法”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。
首先，我们要明确的是，绩效工资的发放应当遵循法律法规的规定，并且通常应当与劳动合同或公司规章制度中的约定相一致。绩效工资作为员工薪酬的一部分，其发放周期和方式应当明确、合理，并且不得违反法律法规的强制性规定。
对于机关单位： 根据《公务员法》的规定，公务员在定期考核中被确定为优秀、称职的，按照国家规定享受年终奖金。这表明，机关单位对于年终考核优秀的干部是有发放奖金的义务的，但这也并不意味着所有绩效都可以年底一次性发放，而是需要遵循国家的相关规定和单位的内部制度。同时，中央纪委也印发了相关解释，明确了违规发放津贴补贴的情形，包括违规发放奖金等，这进一步规范了机关单位的奖金发放行为。
对于企业单位： 特别是针对农民工工资支付问题，《保障农民工工资支付条例》有明确规定。该条例强调，分包单位应按月考核农民工工作量，并编制工资支付表，用人单位则应当按照与农民工书面约定或者依法制定的规章制度规定的工资支付周期和具体支付日期足额支付工资。这意味着，如果绩效工资是农民工工资的一部分，那么它应当按照约定的周期（如每月）进行发放，而不是等到年底一次性发放。当然，如果企业有明确的规章制度，并且该制度不违反法律法规的强制性规定，同时得到了员工的认可，那么年底发放绩效工资也是可能的，但这种情况相对较少且需要严格符合法律规定。
综合判断：
如果绩效工资是作为员工薪酬的一部分，并且劳动合同或公司规章制度中明确规定了年底发放，同时该规定不违反法律法规的强制性规定，那么年底发放绩效工资是合法的。
如果绩效工资应当按月或按其他周期发放，但企业却选择年底一次性发放，且没有合理的解释或依据，那么这种做法可能违反了相关法律法规或劳动合同的约定，是不合法的。
对于机关单位来说，年终奖金的发放需要遵循国家的相关规定和单位的内部制度，不能随意发放。
建议：
对于员工来说，如果对自己的绩效工资发放有疑问或不满，应当首先查阅劳动合同或公司规章制度中的相关规定，并与用人单位进行沟通协商。
如果沟通无果或认为用人单位的行为违反了法律法规的强制性规定，可以向当地的劳动保障监察部门投诉或寻求法律援助。
对于用人单位来说，应当严格遵守相关法律法规和劳动合同的约定，合理、合法地发放绩效工资，以维护员工的合法权益和企业的良好形象。