物流部门的不定时工作制在符合法律法规规定并经过相关部门审批的情况下，是合法的。

首先，不定时工作制是一种特殊的工作制度，它主要适用于那些因工作性质或生产特点，无法按照标准工作时间进行工作的岗位。在物流行业中，由于包裹处理、运输、收派等工作往往受到交通状况、天气条件、客户需求等多种因素的影响，因此，这些岗位的员工可能无法按照固定的时间上下班。为了适应这种工作特点，物流部门可能会申请实行不定时工作制。

其次，根据《中华人民共和国劳动法》以及原劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关法律法规的规定，企业实行不定时工作制需要经过劳动行政部门的审批，并且需要明确实行不定时工作制的岗位、人员范围以及实行期限等。在审批过程中，劳动行政部门会综合考虑企业的实际情况、岗位特点以及员工的权益保障等因素，确保不定时工作制的实行不会损害员工的合法权益。

以您提供的两个案例为例，晋江市人力资源和社会保障局同意了泉州顺路物流有限公司部分岗位实行不定时工作制的申请，并明确了实行期限、岗位范围以及员工权益保障等要求；同样，汕尾市顺丰速运有限公司的部分岗位员工也获得了实行不定时工作制的批复。这些案例都表明，在符合法律法规规定并经过相关部门审批的情况下，物流部门的不定时工作制是合法的。

最后，需要强调的是，即使实行不定时工作制，企业也需要保障员工的休息休假权利，确保员工的工作时间不超过国家规定的标准工作时间，并且需要支付相应的工资报酬。同时，企业还需要加强与员工的沟通，充分听取员工的意见，确保不定时工作制的实行能够得到员工的理解和支持。